日本語版ウィキペディアによると、帝国海軍は1936年に横須賀海軍管区の下、首都防衛と硫黄島への連絡拠点として木更津基地を開設した。英語版ウィキペディアによると、木更津航空隊は海軍初の陸上基地専任爆撃機部隊であり、1937年から中国戦線、その後太平洋戦線へと参戦した。.

その作戦の詳細については、航空自衛隊のウェブサイトにある戦史の項を参照されたいので、ここでは繰り返さない。.

1945年8月7日、高岡進少佐は中島機「機花」双発ジェット攻撃機で木更津基地から20分間の試験飛行を行った。これは日本初のジェット機の飛行であった。ウィキペディアによると、唯一の懸念事項は離陸滑走距離の長さだった。.

4日後の8月11日、2回目の飛行は失敗に終わった。離陸距離を短縮するために取り付けられたロケットブースターが誤った角度で取り付けられていたため、離陸から4秒後に点火すると機体は尾部から後方に押し戻され、パイロットは飛行を中止。機体は排水溝に突っ込んだ。機体は修理されることはなかった。日本が降伏した時点で、さらに約23機が製造中だった。うち3機は研究のために米国に送られ、2機は国立航空宇宙博物館のコレクションとして現存している。.

米軍は1945年9月にこの飛行場を引き継ぎ、木更津飛行場として運用した。1956年には航空自衛隊の訓練施設となり、米空軍は1961年まで駐留したが、その後部隊は立川に移り、米海軍がその場所を引き継いだ。1968年には陸上自衛隊が管理を引き継ぎ、航空自衛隊は入間に移った。1975年には残りの米海軍部隊が横須賀に移り、木更津は第七艦隊の補助着陸場として残された。.

第1ヘリコプター旅団は、1968年3月1日に霞ヶ浦で2個ヘリコプター飛行隊を編成し、同年3月25日に木更津に移転した。1986年12月19日には要人輸送用の特別輸送ヘリコプター飛行隊が加わり、2008年3月には2個飛行隊が再編され、CH-47ヘリコプター4個飛行隊からなる第1輸送ヘリコプター群となった。2018年3月27日からは地上部隊司令部直轄となっている。.

同旅団の重輸送はCH-47が担っている。日本が最初にチヌークを発注したのは54機で、そのうち39機は陸上自衛隊向けだった。ボーイングは1985年9月に川崎重工業による組み立て用に最初のCH-47Jキットを納入し、後のCH-47JAは燃料タンクが大きくなっている。陸上自衛隊は2022年3月時点で47機を保有していた。2011年には日本のCH-47が3機、海水を汲み上げて福島第一原発の3号機と4号機に投下したが、どの部隊が操縦したかは情報筋からは明らかにされていない。.

木更津氏は、日本の要人輸送も担当している。1986年12月19日に編成された特別輸送ヘリコプター隊は、現在EC-225LPで皇室と首相を輸送している。ウィキペディアによると、日本初のEC225は皇室専用機としてVIP仕様で納入されたという。.

2014年、日本政府は普天間基地に駐留する米海兵隊のMV-22輸送機の整備拠点として木更津基地を提案し、2016年10月の騒音試験を経て、2017年1月12日に整備施設が開設された。陸上自衛隊のオスプレイは、水陸両用機動部隊向けに2014年11月に17機発注され、佐賀空港に配備される予定だったが、佐賀県との協議が難航した。そのため、2020年3月26日に木更津基地に輸送航空隊が編成され、同年5月に最初の2機が納入された。.

この取り決めは当初から一時的なものだった。2023年11月29日に米空軍のCV-22が屋久島沖で墜落した後、日本は保有する14機のV-22の飛行を2024年3月まで停止した。2025年7月から8月にかけて、防衛省は佐賀基地を開設し、オスプレイを木更津基地から佐賀基地に移設した。.