San Antonio de los Baños werd niet gebouwd voor Cuba. Wikipedia, die zich baseert op gegevens van het US Air Force Historical Research Agency, vermeldt dat de bouw in 1942 werd voltooid, dat Amerikaanse troepen het vliegveld voor het eerst gebruikten op 29 augustus 1942 en dat vliegtuigen van de US Army Air Forces arriveerden op 16 oktober 1942. Duitse onderzeeërs brachten destijds schepen tot zinken in het Caribisch gebied en vanaf het vliegveld werden anti-onderzeeërpatrouilles uitgevoerd; later in de oorlog werden er bemanningen van de B-29 Superfortress opgeleid, waarvan de lange landingsbanen de huidige omvang van de basis verklaren.

De Amerikanen vertrokken op 30 april 1946 en het vliegveld kwam in handen van de Cubaanse regering. Onder Fulgencio Batista, die in 1952 via een staatsgreep aan de macht kwam, droeg het zijn naam: Wikipedia vermeldt het als Batista Air Force Base van 1953 tot 1959. Toen het regime op 1 januari 1959 viel, erfde de revolutionaire regering het vliegveld, samen met de rest van de luchtmacht.

Twee dagen voor de landing in de Baai van Varkens stegen acht B-26-bommenwerpers, bestuurd door Cubaanse ballingen, op vanuit Nicaragua met FAR-markeringen om Castro's luchtmacht op de grond te vernietigen. San Antonio de los Baños was een van de drie doelwitten, samen met Ciudad Libertad in Havana en Antonio Maceo in Santiago. Wikipedia schrijft de vernietiging van drie FAR B-26's, een Sea Fury en een T-33 in San Antonio toe aan de aanvallers.

Het was niet genoeg. De samenvatting van de John F. Kennedy Library luidt dat de bommenwerpers "veel van hun doelen misten en het grootste deel van Castro's luchtmacht intact lieten", en toen de overgeschilderde vliegtuigen werden ontmaskerd als door Amerikanen gesteund, annuleerde president Kennedy een tweede aanval. De overgebleven Sea Furies, B-26's en T-33's – de T-33's waren Cuba's enige straaljagers – vielen de landingsvloot vanaf 17 april aan, waarbij de Rio Escondido tot zinken werd gebracht en de Houston werd beschadigd. De brigade gaf zich op 19 april over.

Het Sovjetantwoord kwam in houten kisten. Rafael Lima beschrijft in Air & Space hoe ze in juni 1961 in San Antonio aankwamen met MiG-15's en MiG-19's erin. LAAHS geeft de details: 20 MiG-15 gevechtsvliegtuigen en vier trainingsvliegtuigen arriveerden eind mei, de assemblage begon op 6 juni 1961 en Enrique Carreras, een veteraan van de invasie in de Baai van Varkens, maakte op 24 juni de eerste vlucht als Cubaanse piloot. Acht MiG-19's volgden in november 1961 en werden hier in december geassembleerd; Cubaanse piloten vonden ze "instabiel, complex en problematisch", en ze waren in 1966 alweer verdwenen.

In 1962 stuurde Moskou een heel regiment. Volgens het basisartikel op Wikipedia stationeerde het 32e Garde Jachtvliegtuigregiment zijn MiG-21F-13's hier, in Cuba als het 213e regiment; LAAHS nummert het als het 231e, en Lima plaatst de MiG-21's in Santa Clara. Tijdens de Oktobercrisis was San Antonio het hoofdkwartier van de Cubaanse Revolutionaire Luchtmacht. Op 26 oktober, volgens Lima's verslag, stuurde Rafael del Pino een gecodeerd bevel naar San Antonio, Santa Clara en Holguín: "Vuur op de Indianen". De Cubaanse piloten, zonder radar, stegen slechts één keer op tijdens de crisis. Het Sovjetregiment liet zijn vliegtuigen achter in Cuba en keerde in 1963 terug naar huis.

De basis bleef gedurende de Koude Oorlog het centrum van de Cubaanse gevechtsvliegtuigen. LAAHS registreert dat in september 1978 45 MiG-23BN jachtbommenwerpers en twee MiG-23UB trainingsvliegtuigen arriveerden en in San Antonio werden gestationeerd. De Engelstalige Wikipedia vermeldt de gevechtsvliegtuigregimenten van de Westelijke Luchtzone en beschrijft de basis tegenwoordig als de thuisbasis van MiG-29 en MiG-23 gevechtsvliegtuigen; de Cubaanse regering publiceert haar gevechtsorde niet.

Het is twijfelachtig of de basis nog wel operationeel kan worden. FlightGlobal telde in 2022 vijf Cubaanse MiG-29's in gebruik; in hun overzicht van 2026, waarin vliegtuigen die niet dagelijks in gebruik zijn niet zijn opgenomen, staat helemaal geen Cubaanse straaljager vermeld. De inventarislijst van de Engelstalige Wikipedia geeft elke MiG-29, MiG-23 en MiG-21 aan als niet-operationeel. Het beton dat in 1942 werd gestort voor de B-29's wacht nu op vliegtuigen die een door brandstoftekort geplaagd land niet kan laten vliegen.

De bekendste daden van de vloot waren eerder politiek dan militair van aard. De Cubaanse MiG-29's, die volgens de Engelstalige Wikipedia op deze basis gestationeerd zijn, omvatten de MiG-29UB die op 24 februari 1996 twee Cessna 337's van Brothers to the Rescue neerhaalde, waarbij vier mannen om het leven kwamen. Het ICAO-onderzoek concludeerde dat de vliegtuigen in internationaal luchtruim waren neergehaald, terwijl Cuba stelde dat ze herhaaldelijk het Cubaanse luchtruim hadden geschonden en daarvoor gewaarschuwd waren. De MiG-23BN, het type dat hier in 1978 arriveerde, was ook het toestel waarmee majoor Orestes Lorenzo Pérez op 20 maart 1991 naar Key West deserteerde; de basis waarvandaan hij opsteeg, wordt niet in de bronnen vermeld.