Quatro militares do 854º Batalhão de Engenharia de Aviação começaram a fazer o levantamento topográfico do planalto calcário em Pati Point em 13 de novembro de 1944, quatro meses após as forças americanas retomarem Guam. O batalhão, sob o comando do Coronel Herbert E. Brown Jr., havia chegado à ilha em 9 de outubro, vindo de Kwajalein. Seu trabalho em North Field foi posteriormente contabilizado em quantidades brutas: 847 acres de selva desmatados, 1.231.700 jardas cúbicas de terra movimentadas, 828.000 jardas quadradas de concreto asfáltico aplicadas, 181 barracões Quonset e 902 construções de madeira erguidas.

O primeiro asfalto foi aplicado em 17 de janeiro de 1945 e o campo foi declarado operacional em 3 de fevereiro, quando um C-87 da 314ª Ala de Bombardeio pousou e o Major-General Curtis LeMay o seguiu em um F-13A. Duas pistas paralelas foram niveladas, com 3.200 metros por 150 metros, e pavimentadas com 2.600 metros por 60 metros, com áreas de escape de 300 metros. A pista do norte é a atual pista 06L/24R; a do sul é a 06R/24L.

O 314º Esquadrão de Bombardeio trouxe quatro grupos de bombardeiros B-29 — o 19º, o 29º, o 39º e o 330º — e bombardeou Tóquio pela primeira vez em 25 de fevereiro de 1945. Em 12 de abril, o Sargento Henry E. Erwin lançou uma bomba de fósforo em chamas para fora de sua aeronave com as próprias mãos e recebeu a única Medalha de Honra concedida por operações com B-29. Em 7 de outubro de 1949, a base foi renomeada em homenagem ao Brigadeiro-General James Roy Andersen, que faleceu juntamente com o Tenente-General Millard F. Harmon em um voo no Pacífico em fevereiro de 1945.

Em 18 de junho de 1965, bombardeiros B-52F Stratofortress da 7ª e 320ª Alas de Bombardeio decolaram de Andersen contra uma base do Viet Cong ao norte de Saigon, na primeira missão Arc Light. Os relatos do lançamento divergem: a Divisão de Apoio Histórico da Força Aérea menciona 27 aeronaves, enquanto outros resumos da Força Aérea indicam 30. Dois dos bombardeiros colidiram em uma nuvem a cerca de 400 quilômetros da costa, enquanto orbitavam em busca de reabastecimento aéreo. Oito tripulantes morreram antes que uma única bomba caísse.

A Operação Arc Light tornou-se a campanha de bombardeio mais longa da história da Força Aérea dos EUA, com mais de 126.000 missões entre junho de 1965 e agosto de 1973, realizadas a partir de Andersen, U-Tapao, na Tailândia, e, por um período, Kadena. O número de missões mensais subiu de cerca de 800 em meados de 1967 para 1.800 em fevereiro de 1968, quando os bombardeiros lançaram aproximadamente 60.000 toneladas de bombas sobre a base dos fuzileiros navais em Khe Sanh. A última missão da Arc Light foi realizada em 15 de agosto de 1973.

A rampa ficou lotada durante a Operação Bullet Shot, iniciada em fevereiro de 1972, quando os bombardeios no norte foram retomados. Mais de 15.000 homens foram enviados para Andersen em serviço temporário em noventa dias; os alojamentos ficaram lotados e as tripulações passaram a viver em barracas, trabalhando oitenta horas por semana. O resultado foi a maior concentração de bombardeiros em qualquer lugar desde 1945, com números divulgados em Andersen variando de 152 a 155 B-52 estacionados ao longo de cerca de oito quilômetros de pista pavimentada.

A Operação Linebacker II ocorreu de 18 a 29 de dezembro de 1972, com uma pausa no dia de Natal. Os bombardeiros B-52 realizaram 729 missões efetivas das 741 planejadas e lançaram cerca de 15.000 toneladas de bombas sobre as áreas de Hanói e Haiphong, contra 26 posições de mísseis SA-2 e aproximadamente 1.240 mísseis terra-ar. Andersen lançou 87 bombardeiros na noite de abertura. A força aérea em Guam é estimada entre 152 e 155 aeronaves, contra 54 B-52D em U-Tapao.

A terceira noite foi a pior: seis dos 99 bombardeiros enviados não retornaram. A Força Aérea acabou concluindo que 15 B-52 foram abatidos, dez no Vietnã do Norte e cinco chegando primeiro ao Laos ou à Tailândia, com outros nove danificados demais em U-Tapao para voarem novamente. O número é contestado. Declarações iniciais americanas admitiram 16, a imprensa foi informada de 17 e o Congresso posteriormente de 13, e uma análise de 2007 feita por Drenkowski e Grau argumentou que o total real estava entre 22 e 27.

Dos 92 tripulantes a bordo da aeronave perdida, 26 foram resgatados, 33 foram feitos prisioneiros de guerra e 33 morreram ou nunca foram encontrados, geralmente divididos em 25 desaparecidos e oito mortos. Outras aeronaves perdidas durante os onze dias incluíram dois F-111A, três F-4, dois A-7, dois A-6, um EB-66, um RA-5C e um HH-53. Os Acordos de Paz de Paris foram assinados em 27 de janeiro de 1973 e 591 prisioneiros americanos retornaram para casa em sessenta dias.

A Operação Nova Vida decorreu de 23 de abril a 1 de novembro de 1975 e fez de Guam o ponto de acolhimento do êxodo do Vietname do Sul. Cerca de 2.600 órfãos e crianças transportados por via aérea ao abrigo da Operação Babylift já tinham transitado pela ilha nos dias 3 e 4 de abril. O relatório pós-ação do Exército indica que o número de vietnamitas alojados e processados em Guam foi de 111.919; o próprio gabinete de relações públicas de Andersen afirma que foram mais de 100.000, dos quais mais de 39.000 foram alojados na base aérea.

Aeronaves C-141 Starlifter e C-130 Hercules descarregavam na rampa de Andersen ininterruptamente. Os dormitórios de aço construídos em 1966 foram transformados em um acampamento que todos chamavam de Cidade de Lata, em um terreno hoje ocupado pelos campos ao redor da boate Top of the Rock; uma escadaria de pedra é praticamente tudo o que restou dele. Quase todos os refugiados com destino ao continente americano passavam pela base.

O maior acampamento não ficava na base aérea. Os Seabees montaram barracas para 50.000 pessoas em Orote Point, na Base Naval de Guam, onde a ocupação atingiu o pico de 39.331. A população de refugiados da ilha atingiu o pico de 50.450 em 13 de maio de 1975 e os acampamentos foram fechados em 23 de outubro. Nem todos seguiram viagem: 1.546 vietnamitas partiram de Guam em 16 de outubro a bordo do navio mercante Thuong Tin 1, exigindo ser devolvidos ao Vietnã. Seu capitão foi preso por doze anos.

Andersen fica em um platô a cerca de 180 metros acima do nível do mar, em uma das áreas marítimas mais propensas a tufões do planeta. O supertufão Karen atingiu Guam em 11 de novembro de 1962. O anemômetro da Marinha em Nimitz Hill registrou uma rajada de vento de 240 quilômetros por hora, e as estimativas pós-tempestade para o sul da ilha chegaram a 280 a 295 quilômetros por hora. Onze pessoas morreram, 95% das casas de Guam foram danificadas ou destruídas, e as pistas de pouso em Andersen ficaram inutilizáveis.

O tufão Paka atingiu a ilha em 16 de dezembro de 1997. Um anemômetro de fio quente em Andersen registrou uma rajada de 205 nós, cerca de 380 quilômetros por hora, o que teria sido um recorde mundial; a avaliação do Serviço Nacional de Meteorologia afirma categoricamente que a leitura não é corroborada por análises posteriores. Ninguém em Guam ou Rota morreu e os danos ultrapassaram 600 milhões de dólares. O supertufão Pongsona veio em seguida, em 8 de dezembro de 2002, com a extremidade norte da ilha dentro do olho do tufão por quase duas horas.

O tufão Pongsona causou prejuízos de mais de 700 milhões de dólares, feriu 193 pessoas, segundo o Departamento de Saúde de Guam, e matou uma indiretamente — uma mulher que se cortou com estilhaços de vidro e sofreu um ataque cardíaco fatal quando não conseguiu receber socorro. O radar Doppler em Andersen falhou quando houve um corte de energia e os geradores de emergência não o suportaram. O tufão Mawar atingiu a região como um furacão de categoria 4 em 24 de maio de 2023; as aeronaves foram evacuadas ou levadas para hangares, não houve mortes e o aeródromo voltou a funcionar em 48 horas.

O terreno ocupado por Andersen pertencia ao povo Chamorro. Após a retomada de Guam em 21 de julho de 1944, os militares tomaram cerca de 52.000 acres de terras privadas, e as propriedades eventualmente ultrapassaram 85.000 acres, cerca de 63% da ilha. A indenização foi calculada com base nos valores das terras de 1941 aplicados às desapropriações realizadas em 1948, sem ajuste pela inflação. A Guampedia registra a compra de 25 acres por 850 dólares, que haviam sido negociados por 750 dólares em 1928.

Parte da propriedade retornou. A Lei de Terras Excedentes de Guam de 1994 determinou que a Administração de Serviços Gerais (GSA) repassasse propriedades federais desnecessárias a Guam sem custos, e quinze escrituras, abrangendo mais de 2.767 acres, foram entregues até 2011. A Comissão de Terras Ancestrais de Guam, criada em 1999, transfere as terras para os proprietários originais ou seus herdeiros. O Departamento de Defesa ainda detém aproximadamente um quarto da ilha, cerca de 36.000 acres, dos quais 14.600 acres pertencem a Andersen.

A expansão ainda não terminou. A Base do Corpo de Fuzileiros Navais de Camp Blaz, ativada em 1º de outubro de 2020 e nomeada em homenagem ao Brigadeiro-General Vicente Tomas Garrido Blaz, é a primeira nova base do Corpo de Fuzileiros Navais desde 1952; cerca de 5.000 fuzileiros navais estão sendo transferidos de Okinawa a um custo próximo a 8,7 bilhões de dólares, dos quais o Japão paga cerca de 3,1 bilhões. Andersen também abrigará parte do Sistema de Defesa de Guam, contabilizado em 16 locais em agosto de 2024, com o primeiro elemento previsto para o ano fiscal de 2027 e o último em 2032.