A Força Aérea Real (RAF) construiu o aeródromo em 1944, durante a Segunda Guerra Mundial, e o chamou de RAF Negombo, em homenagem à vila de pescadores próxima. A Wikipédia, citando a história padrão dos esquadrões da RAF de Jefford, lista o Esquadrão nº 232 em 1945, o Esquadrão nº 45 de 1946 a 1949 e o Esquadrão nº 249 em 1950, com o Esquadrão nº 1303 em 1945-46.

A Força Aérea Real do Ceilão, fundada em 2 de março de 1951, começou aqui como uma base auxiliar. Sua própria história data o Esquadrão nº 1, ancestral da Ala de Treinamento de Voo, de 1º de setembro de 1951 na “Base Aérea Real do Ceilão em Katunayake”. Quando o governo de SWRD Bandaranaike removeu os britânicos de suas bases no Ceilão, a Força Aérea Real do Ceilão assumiu o controle total da estação; as fontes divergem quanto a 1956 ou 1957, e o Quartel-General da Força Aérea do Ceilão foi dissolvido em 1º de novembro de 1957.

A construção de um aeroporto internacional no mesmo local começou em 1964 com ajuda canadense e foi concluída em 1967. O aeroporto civil recebeu o nome de Bandaranaike em 1970, foi renomeado Aeroporto Internacional de Katunayake em 1977 e voltou a se chamar Bandaranaike em 1995. A Força Aérea manteve sua parte do campo, e a Wikipédia observa que parte dele "ainda permanece como um aeródromo militar".

Durante a maior parte das décadas de 1970 e 1980, os poucos jatos da força aérea estavam baseados em outros locais. Isso mudou em 1º de fevereiro de 1991, quando o Esquadrão nº 5 foi reformado em Katunayake sob o comando do Líder de Esquadrão Harsha Abeywickrama, com aviões de treinamento FT-5 e caças F-7 chineses.

O Esquadrão de Caça nº 10 seguiu em 1996 com Kfir C2 israelenses e um treinador TC2. O Daily FT o descreve como tendo se tornado "a principal formação de ataque e bombardeio" nos estágios finais da guerra. Em 2000, seis MiG-27 e um treinador MiG-23UB, reconstruídos na Ucrânia, juntaram-se ao Esquadrão nº 5; em novembro de 2007, eles se tornaram um esquadrão próprio, o nº 12, que durou até o início de 2019.

Katunayake foi, portanto, a base aérea de onde partiu a campanha de bombardeio da última guerra, e as alegações e contra-alegações sobre seus efeitos sobre os civis pertencem à página da Força Aérea, e não à base. A própria base recebeu a Bandeira Presidencial em março de 2001, ano do 50º aniversário da Força Aérea.

Segundo o relatório de situação do Sunday Times, os atacantes se reuniram em um parque infantil fora da base após as 21h do dia 23 de julho, cortaram a cerca perimetral em um ponto isolado do complexo de 283 hectares por volta da 1h15 da manhã e, posteriormente, cortaram uma cerca de arame entre os esquadrões de jatos e helicópteros, entrando por um bueiro. Eles abriram fogo às 3h50 da manhã.

A Wikipédia, com base em informações do Sunday Times, Jane's e Frontline, lista oito aeronaves militares destruídas: dois Kfir, um MiG-27, três treinadores K-8, um Mi-17 e um Mi-24; cinco K-8, um MiG-27 e vários helicópteros foram danificados. Os atacantes então passaram para o lado civil, destruindo dois Airbus A330 e um A340 da SriLankan Airlines e danificando mais três aviões comerciais. Os números divergem: o TamilNet noticiou 13 aeronaves destruídas naquela manhã.

De acordo com a Wikipédia, todos os 14 atacantes foram mortos; sete funcionários do governo morreram, embora os primeiros relatos indicassem quatro. O aeroporto ficou fechado por 14 horas, e a Wikipédia atribui ao ataque uma queda de 15,5% no turismo e a primeira contração econômica anual do Sri Lanka desde 1948. O comandante da Força Aérea, Marechal do Ar Jayalath Weerakkody, foi citado pelo Sunday Times dizendo que a Força Aérea assumiu total responsabilidade pelos incidentes.

Às 00h45 de segunda-feira, 26 de março de 2007, os Tigres Tâmiles realizaram seu primeiro ataque aéreo. A Força Aérea identificou a aeronave como um Zlin Z-143 de quatro lugares, fabricado na República Tcheca; o jornal Sunday Times noticiou o lançamento de quatro bombas, uma das quais não explodiu. Elas atingiram o prédio com telhado de zinco da Ala de Engenharia Aeronáutica, matando três militares da equipe de resgate aéreo-marítimo que dormiam nas proximidades; 16 ficaram feridos e cerca de cinco helicópteros do Esquadrão nº 4, adjacente ao prédio, sofreram danos leves.

A resposta expôs as lacunas. Um K-8 com capacidade de voo noturno foi acionado mais de 20 minutos após o ataque e perdeu os invasores de vista sobre Mannar, e o jornal relatou que o radar de defesa aérea de fabricação indiana não havia sido ligado. Seis interceptores F-7G comprados da China chegaram em 2008, conforme registram os dados do serviço, especificamente para lidar com as aeronaves leves dos Tigres Tâmiles.

Os últimos Tigres Aéreos caíram na noite de 20 de fevereiro de 2009, dois Zlins, cada um carregando 215 kg de C-4, segundo o porta-voz militar citado pelo Sunday Times. Com o corte de energia em Colombo e os disparos de artilharia, um dos aviões foi abatido em Katunayake por volta das 22h45; o outro caiu no prédio do Departamento de Receita Interna em Colombo. O jornal contabilizou dois mortos, um piloto e um menino de 14 anos atingidos por balas perdidas, e 58 feridos.

Ao final da guerra, apenas alguns Kfirs estavam em condições de voo, e a crise econômica de 2022 deixou a frota sem verba por anos. Em 2021, o governo aprovou uma reforma de US$ 1.000.490 milhões pela Israel Aerospace Industries em quatro Kfirs monopostos e um avião de treinamento, com cabine de pilotagem digital e novos sistemas aviônicos; o Marechal do Ar Sudarshana Pathirana declarou ao Daily FT que o objetivo era migrar os sistemas analógicos para modernos sistemas digitais.

Em 11 de junho de 2026, a primeira aeronave reconstruída segundo o padrão Kfir C12 voou em Katunayake, sob o olhar atento do comandante, o Marechal do Ar Bandu Edirisinghe, e do Secretário de Defesa. A Força Aérea apelidou o Kfir, em serviço desde 1996, de seu "Filhote de Leão".