بدأ الجيش الاستعماري الهولندي بناء قاعدة ماوسباتي حوالي عام ١٩٣٩، مع اتضاح نوايا اليابان في آسيا. ويذكر موقع ويكيبيديا، استنادًا إلى تاريخ قاعدة إيلانغ تاناه إير دي كاكي لاو الإندونيسية، أنها افتُتحت في نهاية مايو ١٩٤٠ بـ ٣٦ طائرة موزعة على ثلاثة أسراب. ومنذ ١ فبراير ١٩٤١، حلّقت سرب مقاتلات بـ ١٣ طائرة من طراز كورتيس ٧٥ إيه-٧ هوك؛ وفي أواخر عام ١٩٤١، تسلّم سربان ١٧ طائرة اعتراضية من طراز كورتيس-رايت سي دبليو-٢١ بي، واستُخدمت ست طائرات من طراز بريستر بافالو للتدريب. وقُتل قائد القاعدة، النقيب إتش جيه فان دي بول، خلال الغزو الياباني.

استولت البحرية اليابانية على قاعدة ماوسباتي الجوية في 8 مارس 1942. وعلى عكس المطارات الجاوية الأخرى، لم تشهد هذه القاعدة سوى القليل من الطيران، واستُخدمت بشكل رئيسي لتخزين قطع الغيار. بعد الاستسلام، سُلّمت القاعدة في 27 أغسطس 1945 إلى رئيس المنطقة، وفي 5 مايو 1946 إلى مقر قيادة القوات الجوية الجديد، حيث عُيّن الطبيب والطيار عبد الرحمن صالح أول قائد إندونيسي لها. وفي 4 نوفمبر 1960، سُمّيت القاعدة باسم إسواهجودي، وهو ضابط في القوات الجوية توفي مع حليم بيرداناكوسوما في حادث تحطم طائرة عام 1947.

أصبحت إسواهجودي قاعدةً أماميةً خلال التحضير لعملية تريكورا، وهي الحملة الرامية إلى استعادة غرب غينيا الجديدة من هولندا. في سبتمبر 1957، أُعيد بناء المدرج ليصبح طوله 2350 مترًا وعرضه 60 مترًا، واكتمل العمل في عام 1960، وفقًا لمقال ويكيبيديا الإندونيسية عن السرب الرابع عشر. ابتداءً من عام 1961، استقبلت القاعدة أقوى الطائرات التي كانت تمتلكها أي قوة جوية في جنوب شرق آسيا آنذاك: وفقًا لويكيبيديا، 12 قاذفة من طراز Tu-16، و12 طائرة من طراز Tu-16KS-1 مزودة بصواريخ مضادة للسفن، وطائرتي استطلاع من طراز Tu-16R، كانت تُشغّلها السربان 41 و42.

وصل السرب الرابع عشر، الذي شُكّل عام ١٩٦٢ بطائرات ميغ-٢١ إف، إلى قاعدة إسواهجودي الجوية؛ ويذكر تاريخه أن إندونيسيا كانت أول دولة خارج حلف وارسو تُشغّل هذا النوع من الطائرات. بعد عام ١٩٦٥، توقف الإمداد السوفيتي بقطع الغيار. تم إيقاف طائرات تو-١٦ عن الطيران عام ١٩٦٩ وسُحبت من الخدمة عام ١٩٧٠، وخرجت طائرات ميغ-٢١ من الخدمة في العام نفسه.

أعاد النظام الجديد بناء قوة المقاتلات باستخدام طائرات غربية. حلّقت السرب الرابع عشر بطائرات أفون سابر أسترالية الصنع منذ عام 1974، ومنذ 21 أبريل 1980، بطائرات نورثروب إف-5إي/إف تايجر 2، والتي احتفظ بها حتى 25 أبريل 2017. في عام 1989، تسلّم السرب الثالث أول ثماني طائرات إف-16إيه وأربع طائرات إف-16بي؛ ولحق بها السرب الرابع عشر بطائرات إف-16سي/دي مُجددة في 13 أكتوبر 2022.

كان يوم 3 يوليو/تموز 2003 أشهر أيام القاعدة. رصد الرادار خمس طائرات إف/إيه-18 هورنت تابعة للبحرية الأمريكية من حاملة الطائرات يو إس إس كارل فينسون وهي تُناور بالقرب من جزيرة باويان في بحر جاوة. أقلعت طائرتان من طراز إف-16 بي من قاعدة إسواهجودي في تمام الساعة 17:02. وذكرت ويكيبيديا، نقلاً عن مجلة أنجكاسا الإندونيسية، أن كلا الجانبين استخدم التشويش الإلكتروني، وأن رادار طائرة هورنت رصد الطائرة إف-16 الرائدة، وأن الاشتباك الذي استمر 18 دقيقة انتهى عندما حركت الطائرة إف-16 الثانية جناحيها وأعادت الطائرة الرائدة الاتصال اللاسلكي. وقالت الولايات المتحدة إن طائراتها كانت في المياه الدولية ولم تخالف أي قانون؛ بينما قالت إندونيسيا إنها لم تتلق أي إخطار واحتجت على ذلك.

يمرّ جميع الطيارين المقاتلين الإندونيسيين الآن عبر مركز إسواهجودي. وتُعدّ طائرات كاي تي-50 آي غولدن إيغل التابعة للسرب الخامس عشر، والتي تم تسليمها لأول مرة عام 2013، طائرات التدريب الأساسية لطائرات إف-16 وسوخوي ورافال؛ وقد أحصت وكالة الاستخبارات الجوية الإندونيسية (أنتارا) 22 طائرة منها في يوليو 2026، بعد طلب ست طائرات أخرى في عام 2025. وفي يوليو 2026، طلبت وزارة الدفاع أيضاً 12 طائرة من طراز ليوناردو إم-346 إف بلوك 20، من المقرر تسليمها بدءاً من عام 2030، لتعزيز تدريب الطيارين المقاتلين.

ولا تزال القاعدة مركزاً عملياتياً أيضاً. ففي الفترة من 25 أكتوبر إلى 6 نوفمبر 2025، استضافت تدريبات الهجوم السطحي الدفاعي، كجزء من التدريب الموجه نحو المهمة التابع للقوات الجوية: حيث تدربت طائرات إف-16 التابعة للسربين الثالث والرابع عشر، وطائرات تي-50 آي التابعة للسرب الخامس عشر، وطائرات سوخوي التي تم نقلها جواً من السرب الحادي عشر في ماكاسار، ليلاً ونهاراً على ضربات ضد أهداف أرضية مع الدفاع ضد التهديدات الجوية.