1958年8月，中国人民解放军开始炮击金门，解放军空军的米格-15和米格-17战斗机在台湾海峡展开激战。在后来被称为“黑魔法行动”的计划下，美国海军改装了一些中华民国空军的F-86佩刀式战斗机，使其能够携带新型AIM-9“响尾蛇”红外制导导弹。驻扎在新竹的第二联队负责驾驶这些飞机。.

该联队的官方历史记载，1958年9月24日，其飞行员使用AIM-9“响尾蛇”导弹取得了“首次空对空击落战果”，击落9架敌机并击伤3架。英文维基百科给出的当日战果更为惊人：32架F-86战斗机击落25架米格战机，另有约100架米格战机被“响尾蛇”导弹击落；而在整个空战危机期间，两架F-86战斗机共击落31架米格战机。这些数据均来自中华民国和美国的资料；经查阅的资料中未找到中华人民共和国的统计数据，因此以上数据均应视为一种说法。.

据维基百科记载，一枚响尾蛇导弹卡在了一架米格-17战斗机上，但并未爆炸；它被回收并被逆向工程改造，最终研制成苏联K-13导弹。危机期间，美国还向新竹派遣了第26战斗机拦截中队。.

黑蝙蝠飞行队是中情局与中央情报局的联合行动。《台北时报》在2012年报道该飞行队展览开幕时指出，该部队于1952年在桃园成立，当时的掩护名称为“西部企业有限公司”，1953年迁至新竹，并于1958年改编为第34飞行队。起初，该飞行队负责散发传单、物资和派遣特工；从1956年起，开始执行电子侦察任务，其活动范围远至中国东北、甘肃、青海和云南，以及南部的泰国、缅甸和老挝。.

代价惨重。《台北时报》统计，1952年至1972年间，该部队损失了15架飞机和148名人员，其中包括7架P2V-7U侦察机中的5架被击落，机上68名机组人员全部遇难。英文维基百科（参考克里斯·波科克的数据）统计，1953年至1967年间，该部队共执行了838次任务；《台湾新闻》则称任务次数超过800次，并指出148人的死亡是空军特种作战中队中最高的伤亡数字。维基百科记录的首次损失是1960年3月25日一架RB-69A侦察机在韩国群山附近撞山，机上14人全部遇难。.

该中队位于新竹的宿舍，仿照美国军事援助顾问团的宿舍风格建造，于2009年11月22日成为黑蝙蝠中队纪念馆，馆内陈列着13种机型的模型，并讲述了机组人员的故事。《台湾新闻》指出，纪念馆及其毗邻的东大飞行公园于2018年建成；该中队队长赵钦于2020年7月逝世，享年97岁。.

1992年，即美国同意向台湾出售F-16战斗机的那一年，台湾也从法国购买了60架幻影2000-5战斗机。首架幻影2000-5于1997年5月抵达新竹，第41战斗机中队于1997年12月1日完成装备；第41和第42战术战斗机中队于2004年11月11日接替了第11战斗机大队。《台湾新闻》报道称，这些幻影战斗机负责保卫台湾北部地区。.

维持这些战机的飞行成本一直很高。《台湾新闻》2022年报道称，自1999年以来，已有8架幻影战机坠毁，造成5名飞行员丧生。2023年，该报指出，幻影战机的零部件和维护成本高于F-16或经国战斗机。国防部曾考虑将这9架双座战机的服役期限延长20年，但需等待达索公司于2026年7月进行的评估。2026年6月，空军签署了一份为期五年、价值9.2647亿新台币的支援合同，根据该合同，达索公司的技术人员将在新竹基地进行维护；当时，60架幻影战机中仍有53架在役。.

幻影战机与法国的联系不仅限于商业合作。据《台湾新闻》报道，2024年10月中旬至12月3日，六架幻影2000-5战斗机——五架单座型和一架双座型——参与了在台湾新竹和花莲嘉山举行的空中作战训练交流活动，其中有两到三名法国飞行员随行。台湾空军的三种战斗机均参与了此次训练：第17中队的F-16V战斗机作为假想敌进行训练，台南和清川港的清国战斗机也参与其中。.

据《台湾新闻》报道，台湾与法国飞行员交流项目的年度费用接近14.5万新台币。对于一支到2026年仍未选定替代机型的机队而言，此类交流以及2026年与达索公司签订的支持合同是维持新竹空军中队机队性能的关键：这些战机大多产于上世纪90年代，而台湾国防部在2023年表示，由于双座战机主要用于训练，其磨损速度比单座战机更快。.