En agosto de 1958, el Ejército Popular de Liberación comenzó a bombardear Kinmen, y los MiG-15 y MiG-17 de la Fuerza Aérea del Ejército Popular de Liberación disputaron el control del estrecho de Taiwán. En el marco de un programa posteriormente conocido como Operación Magia Negra, la Armada de los Estados Unidos modificó algunos F-86 Sabre de la Real Fuerza Aérea de la República de China para que pudieran portar el nuevo misil infrarrojo AIM-9 Sidewinder. El 2.º Ala, con base en Hsinchu, fue la encargada de operarlos.

La historia oficial del escuadrón indica que el 24 de septiembre de 1958 sus pilotos lograron “el primer derribo aire-aire con misiles AIM-9 Sidewinder”, destruyendo nueve cazas enemigos y dañando tres. La Wikipedia en inglés ofrece una cifra mayor para ese día: 25 MiG derribados por Sidewinder entre 32 F-86 y unos 100 MiG, y 31 MiG derribados por cada dos F-86 durante toda la crisis. Estas cifras provienen de fuentes de la República de China y de Estados Unidos; no se encontró un recuento de la República Popular China en las fuentes consultadas, por lo que cada dato debe interpretarse como una afirmación.

Según Wikipedia, un misil Sidewinder se alojó en un MiG-17 sin explotar; fue recuperado y utilizado para la ingeniería inversa en el misil soviético K-13. Estados Unidos también envió el 26.º Escuadrón de Caza-Interceptores a Hsinchu durante la crisis.

El Escuadrón Murciélago Negro fue una operación conjunta con la CIA. El Taipei Times, al informar sobre la inauguración de su exposición en 2012, afirma que la unidad se creó en 1952 en Taoyuan bajo el nombre encubierto de Western Enterprise Inc., se trasladó a Hsinchu en 1953 y se convirtió en el 34.º Escuadrón en 1958. Inicialmente, lanzaba folletos, suministros y agentes; a partir de 1956, realizó misiones de reconocimiento electrónico, llegando hasta el noreste de China, Gansu, Qinghai y Yunnan, y hacia el sur hasta Tailandia, Myanmar y Laos.

El costo fue alto. El Taipei Times cifra las pérdidas entre 1952 y 1972 en 15 aeronaves y 148 hombres, incluyendo cinco de los siete aviones de reconocimiento P2V-7U derribados con 68 tripulantes. La Wikipedia en inglés, siguiendo a Chris Pocock, contabiliza 838 misiones entre 1953 y 1967; Taiwan News menciona más de 800 y afirma que los 148 muertos representan el mayor número de bajas de cualquier escuadrón de operaciones especiales de la fuerza aérea. La primera pérdida registrada por Wikipedia fue un RB-69A que se estrelló contra una colina cerca de Kunsan, Corea del Sur, el 25 de marzo de 1960, causando la muerte de los 14 tripulantes a bordo.

El dormitorio del escuadrón en Hsinchu, construido al estilo de las viviendas del Grupo Asesor de Asistencia Militar de EE. UU., se convirtió en el Salón Conmemorativo del Escuadrón Murciélago Negro el 22 de noviembre de 2009, con maquetas de 13 tipos de aeronaves y la historia de sus tripulaciones. Taiwan News fecha la finalización del monumento y del adyacente Parque de Vuelo Dongda en 2018; su líder, Chao Chin, falleció en julio de 2020 a los 97 años.

En 1992, año en que Estados Unidos acordó vender F-16, Taiwán también adquirió 60 Mirage 2000-5 de Francia. El primero llegó a Hsinchu en mayo de 1997, y el 41.er Escuadrón quedó completamente equipado el 1 de diciembre de 1997; los escuadrones de cazas tácticos 41.º y 42.º reemplazaron al 11.º Grupo el 11 de noviembre de 2004. Según Taiwan News, los Mirage son responsables de la protección del norte de Taiwán.

Su mantenimiento ha resultado costoso. En 2022, Taiwan News informó que ocho Mirages se habían estrellado desde 1999, causando la muerte de cinco pilotos, y en 2023, que las piezas y el mantenimiento costaban más que los del F-16 o el Ching-kuo. El ministerio consideró extender la vida útil de los nueve biplazas por 20 años, a la espera de una evaluación de Dassault prevista para julio de 2026. En junio de 2026, la fuerza aérea firmó un contrato de soporte de cinco años por valor de NT$926,47 millones, en virtud del cual los técnicos de Dassault trabajan en Hsinchu; 53 de los 60 aviones permanecieron en servicio.

El vínculo entre Mirage y Francia no es solo comercial. Según Taiwan News, desde mediados de octubre hasta el 3 de diciembre de 2024, seis Mirage 2000-5 (cinco monoplazas y uno biplaza) participaron en un intercambio de entrenamiento de combate aéreo que comenzó en Hsinchu y se trasladó a Chiashan, en Hualien, con dos o tres pilotos franceses en el contingente. Participaron los tres tipos de cazas de la fuerza aérea: los F-16V del 17.º Escuadrón volaron como agresores, y los cazas Ching-kuo procedían de Tainan y Ching Chuan Kang.

Taiwan News estimó el costo anual del intercambio de pilotos entre Taiwán y Francia en casi 1.500 millones de NT$. Para una flota cuyo reemplazo no se había elegido para 2026, estos intercambios y el contrato de soporte de Dassault para 2026 son lo que mantiene actualizada la flota de Hsinchu: los aviones datan de la década de 1990, y en 2023 el ministerio dijo que los biplazas se habían desgastado más rápido que los monoplazas debido a su uso para entrenamiento.