El Grupo Aéreo Naval de Kanoya se formó el 1 de abril de 1936 y, según la Wikipedia en inglés, era la unidad de bombarderos medianos más antigua de la Armada Imperial. Sus Mitsubishi G3M bimotores entraron en combate en agosto de 1937, al comienzo de la Segunda Guerra Sino-Japonesa, realizando incursiones de largo alcance contra objetivos chinos. En septiembre de 1941, el grupo se reequipó con el G4M, el bombardero que llevaría la guerra aérea terrestre de la armada a través del Pacífico.

Los bombarderos de Kanoya formaron parte de la fuerza de ataque terrestre de la armada durante los primeros meses de la Guerra del Pacífico. Su historial se encuentra en la historia de la guerra en la página de la JASDF y en la sección de combate de la página de este servicio; esta página de la base se centra en lo sucedido en Kanoya.

En la primavera de 1945, Kanoya se convirtió en la principal base operativa de los ataques suicidas organizados de la armada contra la flota estadounidense frente a Okinawa, las operaciones Kikusui. La Wikipedia japonesa contabiliza 828 aviadores de ataque especial que despegaron de Kanoya durante la campaña de Okinawa.

La cifra proviene del artículo de la Wikipedia en japonés y no se ha contrastado con una lista oficial; los totales de toda la campaña kamikaze varían según la fuente y no se proporcionan. Tras la rendición, unidades de la Quinta Fuerza Aérea de EE. UU. mantuvieron la base desde el 3 de septiembre de 1945 hasta noviembre de 1948.

La armada de posguerra regresó a Kanoya poco después. La Reserva de la Policía Nacional estableció una guarnición allí el 1 de diciembre de 1950, y las fuentes indican tres fechas para la Fuerza Marítima de Autodefensa de Japón (JMSDF): el 1 de diciembre de 1953 para la primera unidad aérea, el 1 de julio de 1954 para el control de la JMSDF y el 21 de noviembre de 1955 para la transferencia completa. La diferencia refleja una transferencia gradual en lugar de un evento único.

El Ala Aérea Naval 1 operó prácticamente todos los tipos de patrulla japoneses. Los P2V-7 Neptune volaron hasta el 27 de febrero de 1971, después de que los P-2J comenzaran a llegar el 23 de abril de 1970. Los S2F-1 Tracker del 11.º Escuadrón volaron desde 1973 hasta el 30 de marzo de 1984. El P-3C llegó el 10 de julio de 1989, y un segundo escuadrón, el 7.º, se formó el 1 de diciembre de 1987 y voló P-2J hasta mayo de 1994. En julio de 2019, el 1.er Escuadrón se convirtió al Kawasaki P-1.

Los aviones que la base aérea de Kanoya utilizó durante la Guerra Fría ilustran la reconstrucción de la fuerza aérea naval japonesa. Los primeros aviones antisubmarinos eran aeronaves estadounidenses de desecho: la Fuerza Marítima de Autodefensa de Japón (JMSDF) recibió 60 Grumman S2F-1 Tracker de las reservas estadounidenses en 1957 y los utilizó hasta 1984, denominándolos Aotaka, el halcón azul. En Kanoya, el 11.º Escuadrón se unió al Ala Aérea de la Flota 1 con Trackers el 1 de marzo de 1973 y fue disuelto cuando este modelo fue retirado del servicio el 30 de marzo de 1984.

El Lockheed P2V-7 Neptune fue el primer avión de patrulla de largo alcance del escuadrón. En lugar de comprar un modelo nuevo, Japón lo reconstruyó: Kawasaki reemplazó los motores de pistón por turbohélices y realizó el primer vuelo del P-2J el 21 de julio de 1966, construyendo un total de 83 unidades. El 1.er Escuadrón de Kanoya comenzó a recibirlos el 23 de abril de 1970, y el último P2V-7 abandonó la base el 27 de febrero de 1971. El P-2J, a su vez, fue reemplazado por el P-3C, fabricado bajo licencia, a partir de 1989, y el Orion por el P-1 de diseño japonés en 2019, de modo que en cincuenta años el escuadrón de patrulla de Kanoya pasó de utilizar aviones estadounidenses de segunda mano a contar con aeronaves diseñadas en Japón.

El Museo de la Base Aérea de Kanoya abrió sus puertas en diciembre de 1973 y se trasladó a un nuevo edificio en julio de 1993. La Wikipedia japonesa contabiliza alrededor de 5500 piezas, entre ellas un Zero Tipo 52 restaurado a partir de dos fuselajes recuperados, un hidroavión H8K de la Armada Imperial y aeronaves de posguerra como el P-2, el HSS-2B, el SNJ-5 y el P-3C. El museo conserva la memoria de las unidades de ataque especial junto con la de la armada de posguerra.

Los aviones estadounidenses han regresado en los últimos años. En julio de 2018, el Cuerpo de Marines de EE. UU. anunció un entrenamiento con aviones cisterna KC-130 en Kanoya, y la Wikipedia japonesa registra el despliegue de drones MQ-9 estadounidenses en la zona desde 2022; uno de ellos se salió de la pista el 22 de agosto de 2023.