De Kanoya Naval Air Group werd opgericht op 1 april 1936 en was, volgens de Engelstalige Wikipedia, de oudste eenheid met middelzware bommenwerpers in de Keizerlijke Marine. De tweemotorige Mitsubishi G3M's werden in augustus 1937 ingezet bij het begin van de Tweede Chinees-Japanse Oorlog en voerden langeafstandsaanvallen uit op Chinese doelen. In september 1941 werd de groep uitgerust met de G4M, de bommenwerper die de landgebonden luchtoorlog van de marine over de Stille Oceaan zou voeren.

De bommenwerpers van Kanoya maakten deel uit van de landmacht van de marine in de eerste maanden van de Pacifische Oorlog. Hun geschiedenis is te vinden op de pagina van de Japanse Luchtmacht (JASDF) en in het gevechtsgedeelte van de pagina van deze krijgsmacht; deze basispagina beperkt zich tot wat er op Kanoya zelf is gebeurd.

In het voorjaar van 1945 werd Kanoya de belangrijkste operationele basis voor de georganiseerde zelfmoordaanvallen van de marine op de Amerikaanse vloot voor de kust van Okinawa, de Kikusui-operaties. De Japanse Wikipedia telt 828 speciale aanvalspiloten die tijdens de Okinawa-campagne vanuit Kanoya opstegen.

Het cijfer is afkomstig uit het Japanse Wikipedia-artikel en is hier niet gecontroleerd aan de hand van officiële gegevens; de totalen voor de gehele kamikaze-campagne variëren per bron en worden hier niet vermeld. Na de overgave hielden eenheden van de Amerikaanse Vijfde Luchtmacht de basis bezet van 3 september 1945 tot november 1948.

De naoorlogse marine keerde al vroeg terug naar Kanoya. De Nationale Politiereserve vestigde hier op 1 december 1950 een garnizoen, en de bronnen noemen drie data voor de Japanse Maritieme Zelfverdedigingstroepen (JMSDF): 1 december 1953 voor de eerste luchtmachteenheid, 1 juli 1954 voor de overname door de JMSDF en 21 november 1955 voor de volledige overdracht. Het verschil duidt op een geleidelijke overdracht in plaats van een eenmalige gebeurtenis.

Fleet Air Wing 1 vloog vervolgens met vrijwel alle Japanse patrouillevliegtuigen. P2V-7 Neptunes vlogen tot 27 februari 1971, nadat de P-2J's op 23 april 1970 waren gearriveerd. S2F-1 Trackers van het 11e Squadron vlogen van 1973 tot 30 maart 1984. De P-3C arriveerde op 10 juli 1989 en een tweede squadron, het 7e, werd opgericht op 1 december 1987 en vloog met P-2J's tot mei 1994. In juli 2019 stapte het 1e Squadron over op de Kawasaki P-1.

De vliegtuigen waarmee Kanoya tijdens de Koude Oorlog vloog, vertellen het verhaal van hoe Japan een marine-luchtmacht opnieuw opbouwde. De eerste onderzeebootbestrijdingsvliegtuigen waren Amerikaanse afgedankte toestellen: de Japanse Maritieme Zelfverdedigingsmacht (JMSDF) ontving in 1957 60 Grumman S2F-1 Trackers uit Amerikaanse voorraden en vloog ermee tot 1984, onder de naam Aotaka, de blauwe havik. Op Kanoya werd het 11e Squadron op 1 maart 1973 met Trackers toegevoegd aan Fleet Air Wing 1 en werd ontbonden toen het type op 30 maart 1984 uit dienst werd genomen.

De Lockheed P2V-7 Neptune was het eerste langeafstandspatrouillevliegtuig van de eenheid. In plaats van een nieuw type aan te schaffen, herbouwde Japan het toestel: Kawasaki verving de zuigermotoren door turbopropmotoren en liet de eerste P-2J op 21 juli 1966 vliegen. In totaal werden er 83 gebouwd. Het 1e Squadron van Kanoya ontving de toestellen vanaf 23 april 1970 en de laatste P2V-7 verliet de basis op 27 februari 1971. De P-2J werd op zijn beurt vanaf 1989 vervangen door de in licentie gebouwde P-3C, en de Orion in 2019 door de in Japan ontworpen P-1. Zo is het patrouillesquadron van Kanoya in vijftig jaar tijd overgestapt van tweedehands Amerikaanse vliegtuigen naar een in Japan ontworpen toestel.

Het Kanoya Air Base Museum werd geopend in december 1973 en verhuisde in juli 1993 naar een nieuw gebouw. De Japanse Wikipedia telt ongeveer 5.500 objecten, waaronder een Zero Type 52 die is gerestaureerd uit twee teruggevonden vliegtuigrompen, een H8K-vliegboot van de Keizerlijke Marine en naoorlogse types zoals de P-2, HSS-2B, SNJ-5 en P-3C. Het museum bewaart de herinnering aan de speciale aanvalseenheden naast die aan de naoorlogse marine.

Amerikaanse vliegtuigen zijn de afgelopen jaren teruggekeerd. In juli 2018 kondigde het Amerikaanse Korps Mariniers trainingen met KC-130 tankvliegtuigen aan in Kanoya, en de Japanse Wikipedia vermeldt dat er vanaf 2022 Amerikaanse MQ-9 drones in het gebied zijn gestationeerd; een daarvan schoot op 22 augustus 2023 van de landingsbaan af.