O Grupo Aéreo Naval de Kanoya foi formado em 1º de abril de 1936 e, segundo a Wikipédia em inglês, era a unidade de bombardeiros médios mais antiga da Marinha Imperial. Seus bombardeiros bimotores Mitsubishi G3M entraram em combate em agosto de 1937, no início da Segunda Guerra Sino-Japonesa, realizando ataques de longo alcance contra alvos chineses. Em setembro de 1941, o grupo foi reequipado com o G4M, o bombardeiro que levaria a guerra aérea terrestre da marinha através do Pacífico.

Os bombardeiros de Kanoya faziam parte da força de ataque terrestre da Marinha nos primeiros meses da Guerra do Pacífico. Seu registro pertence à história da guerra na página da JASDF e na seção de combate da página deste serviço; esta página base se concentra no que aconteceu em Kanoya propriamente dito.

Na primavera de 1945, Kanoya tornou-se a principal base operacional para os ataques suicidas organizados pela Marinha contra a frota americana perto de Okinawa, as Operações Kikusui. A Wikipédia japonesa contabiliza 828 pilotos de ataque especial que partiram de Kanoya durante a campanha de Okinawa.

O número apresentado é do artigo da Wikipédia japonesa e não foi verificado com uma lista oficial aqui; os totais para toda a campanha kamikaze variam conforme a fonte e não são fornecidos. Após a rendição, unidades da Quinta Força Aérea dos EUA ocuparam a base de 3 de setembro de 1945 até novembro de 1948.

A marinha do pós-guerra retornou a Kanoya logo no início do ano. A Reserva da Polícia Nacional instalou uma guarnição no local em 1º de dezembro de 1950, e as fontes indicam três datas para a JMSDF (Força Marítima de Autodefesa do Japão): 1º de dezembro de 1953 para a primeira unidade aérea, 1º de julho de 1954 para o controle da JMSDF e 21 de novembro de 1955 para a transferência completa. Essa diferença reflete uma transição gradual, e não um evento único.

A Ala Aérea da Frota 1 operou praticamente todos os tipos de aeronaves de patrulha japonesas. Os P2V-7 Neptune voaram até 27 de fevereiro de 1971, após a chegada dos P-2J em 23 de abril de 1970. Os S2F-1 Tracker do 11º Esquadrão voaram de 1973 até 30 de março de 1984. O P-3C chegou em 10 de julho de 1989, e um segundo esquadrão, o 7º, foi formado em 1º de dezembro de 1987 e operou P-2J até maio de 1994. Em julho de 2019, o 1º Esquadrão converteu-se ao Kawasaki P-1.

As aeronaves que Kanoya operou durante a Guerra Fria contam a história de como o Japão reconstruiu sua força aérea naval. As primeiras aeronaves antissubmarino eram americanas descartadas: a Força Marítima de Autodefesa do Japão (JMSDF) recebeu 60 Grumman S2F-1 Tracker dos estoques americanos em 1957 e os operou até 1984, chamando-os de Aotaka, o falcão azul. Em Kanoya, o 11º Esquadrão juntou-se à Ala Aérea da Frota 1 com os Trackers em 1º de março de 1973 e foi dissolvido quando o modelo foi aposentado em 30 de março de 1984.

O Lockheed P2V-7 Neptune foi a primeira aeronave de patrulha de longo alcance da ala. Em vez de comprar um modelo novo, o Japão o reconstruiu: a Kawasaki substituiu os motores a pistão por turboélices e realizou o primeiro voo do P-2J em 21 de julho de 1966, tendo construído um total de 83 unidades. O 1º Esquadrão de Kanoya começou a recebê-los em 23 de abril de 1970, e o último P2V-7 deixou a base em 27 de fevereiro de 1971. O P-2J, por sua vez, deu lugar ao P-3C, fabricado sob licença, a partir de 1989, e o Orion ao P-1, de projeto japonês, em 2019. Assim, em cinquenta anos, o esquadrão de patrulha de Kanoya passou de aeronaves americanas de segunda mão para aeronaves projetadas no Japão.

O Museu da Base Aérea de Kanoya foi inaugurado em dezembro de 1973 e transferido para um novo edifício em julho de 1993. A Wikipédia japonesa lista cerca de 5.500 itens, entre eles um Zero Type 52 restaurado a partir de duas fuselagens recuperadas, um hidroavião H8K da Marinha Imperial e aeronaves do pós-guerra, incluindo o P-2, o HSS-2B, o SNJ-5 e o P-3C. O museu preserva a memória das unidades de ataque especial, bem como a da marinha do pós-guerra.

Aeronaves americanas retornaram nos últimos anos. Em julho de 2018, o Corpo de Fuzileiros Navais dos EUA anunciou treinamento com aeronaves de reabastecimento aéreo KC-130 em Kanoya, e a Wikipédia japonesa registra a presença de drones MQ-9 americanos na região desde 2022; um deles ultrapassou a pista em 22 de agosto de 2023.