Kanombe is het oudste vliegveld van Rwanda dat officieel geregistreerd staat. Historicus Bernardin Muzungu, geciteerd door Wikipedia, dateert de eerste vliegtuiglanding daar in 1934, toen Rwanda een Belgisch grondgebied was. Na de onafhankelijkheid in 1962 kreeg het vliegveld de naam van de eerste president, Grégoire Kayibanda, en behield die naam tot na de genocide, toen het Kigali International Airport werd.

De kleine luchtmacht die Rwanda na de onafhankelijkheid met Belgische hulp opbouwde, met volgens Wikipedia drie voormalige Franse Magister-straaltrainers en een Islander als eerste vliegtuigen, had geen ander vliegveld van enige omvang tot zijn beschikking. Het militaire kamp Kanombe ligt aan de rand van het vliegveld. Welke vliegtuigen hier in de jaren 60, 70 en 80 precies gestationeerd waren, en in welke aantallen, is niet officieel gedocumenteerd; de Rwandese luchtmacht heeft zelf geen geschiedenis gepubliceerd.

Het burgerluchtverkeer is sinds de oorlog snel toegenomen. Wikipedia meldt, op basis van officiële cijfers en persgegevens, 145.189 passagiers in 2008 en ongeveer 1,2 miljoen in 2019. Omdat de luchthaven volledig door de stad is ingesloten, bouwt Rwanda een vervangende luchthaven in Bugesera, ten zuiden van Kigali. In december 2019 stemde Qatar Airways ermee in om een belang van 60 procent in het project te nemen, met een geplande investering van 1,4 miljard Amerikaanse dollar.

Toen het Rwandese Patriottische Front begin oktober 1990 vanuit Oeganda de grens overstak, lanceerde Frankrijk Operatie Noroît. Volgens het Franse Wikipedia-artikel, dat zich baseert op de Franse parlementaire inlichtingenmissie over Rwanda, was de taak van de operatie het beschermen van Europeanen en Franse installaties en het controleren van het vliegveld, zodat Fransen en andere buitenlanders geëvacueerd konden worden. Aanvankelijk werden zo'n 300 troepen ingezet; in december oordeelde de commandant dat één compagnie voldoende was, maar de Franse aanwezigheid duurde tot december 1993.

De Rwandese luchtmacht verloor al in de eerste week vliegtuigen. Het Aviation Safety Network vermeldt een Britten-Norman Islander van de Rwandese luchtmacht, met registratienummer 9XR-GV, die op 8 oktober 1990 nabij de luchthaven van Kigali verloren ging; de oorzaak en het aantal doden worden niet vermeld, en er is geen andere bron voor het verlies gevonden. Volgens Wikipedia waren in 1994 de meeste vliegtuigen van de luchtmacht neergeschoten, op de grond vernield of bij crashes verloren gegaan.

Kort voor 20:20 lokale tijd op 6 april 1994 bevond de presidentiële Dassault Falcon 50, met registratienummer 9XR-NN, zich in de laatste naderingsfase naar Kigali in een heldere hemel toen het toestel werd geraakt door raketten en neerstortte in de tuinen van de presidentiële residentie. Alle twaalf inzittenden kwamen om het leven, onder wie presidenten Habyarimana en Ntaryamira en de Franse bemanningsleden Jacky Héraud, Jean-Pierre Minaberry en Jean-Michel Perrine. Een Belgische C-130 met UNAMIR-troepen aan boord werd weggestuurd om de Falcon 50 voorrang te geven en werd omgeleid naar Nairobi; Belgische vredeshandhavers op de luchthaven werden omsingeld en ontwapend door de presidentiële garde, en VN-troepen werden weggehouden van de crashlocatie, aldus het Wikipedia-artikel.

De verantwoordelijkheid is nooit in de rechtbank vastgesteld. Een Franse rechter, Jean-Louis Bruguière, concludeerde in 2006 dat de leiding van het RPF verantwoordelijk was en vaardigde arrestatiebevelen uit voor negen medewerkers van Paul Kagame; de beschuldigingen werden fel betwist. Het Rwandese Mutsinzi-rapport uit 2010, gebaseerd op onderzoek van Britse ballistische experts, en een Frans ballistisch rapport dat in januari 2012 openbaar werd gemaakt, wezen beide het gebied rond het Kanombe-kamp aan, waar destijds de presidentiële garde, de parachutisten en het luchtafweerbataljon van het leger waren gehuisvest, als het meest waarschijnlijke schietpunt. Een rapport van de Belgische Senaat uit 1997 concludeerde dat er te weinig informatie was om een oordeel te vellen.

Op 8 april begon Frankrijk Operatie Amaryllis. Ongeveer 500 Franse soldaten onder generaal Henri Poncet bewaakten de luchthaven terwijl buitenlanders uit de stad werden geëvacueerd; de eerste vlucht vertrok op 9 april en op 14 april had Frankrijk ongeveer 1400 mensen geëvacueerd en België ongeveer 1200, volgens het Franse Wikipedia-artikel dat de Franse parlementaire missie citeert. Deze missie uitte ook kritiek op het selectieve karakter van de evacuaties. De Verenigde Naties schatten dat er in ongeveer 100 dagen meer dan een miljoen mensen zijn omgekomen tijdens de genocide.