La Aurora begon als een groenstrook. Volgens de Spaanse Wikipedia, die de geschiedenis van de luchthaven beschrijft, behoorde het landgoed toe aan president Manuel Lisandro Barillas en werd het na 1892 door José María Reyna Barrios ontwikkeld als recreatiegebied, met plannen voor een treinstation langs wat nu de Bulevar 30 de Junio is. Nadat Reyna Barrios in 1898 werd vermoord, gaf zijn opvolger, Manuel Estrada Cabrera, prioriteit aan de aflossing van schulden, waardoor de plannen stil kwamen te liggen.

De luchtvaart deed zijn intrede in de jaren twintig. Op 30 juni 1921 verhuisde de Escuela Militar de Mecánicos de Aviación officieel naar de boerderij La Aurora, met een Blériot XI-2, een Deperdussin en twee Avro 504K's, volgens het Spaanse Wikipedia-artikel over de luchtmacht; de Engelse Wikipedia schrijft de opening van een vliegschool het jaar ervoor toe aan een Franse militaire missie. De luchtmacht beschouwt 1921 als haar oprichtingsjaar. Onder president José María Orellana vonden de eerste vliegactiviteiten in La Aurora plaats in 1923, waarmee het Campo de Marte werd vervangen als het nationale luchtvaartcentrum, en gedurende de rest van het decennium en de jaren dertig was een grasbaan voldoende.

De Spaanse Wikipedia vermeldt ook de opening van het luchthavengebouw in 1936 en de komst van Pan American, dat in 1929 in Guatemala begon te vliegen. Civiele en militaire vluchten delen het vliegveld sindsdien.

De Tweede Wereldoorlog veranderde La Aurora. Volgens de Spaanse Wikipedia werd de eerste verharde landingsbaan, van 2000 meter lang, in 1942 aangelegd als onderdeel van de oprichting van een Amerikaanse militaire basis. In hetzelfde jaar ontving Guatemala hulp via de Lend-Lease-regeling; het artikel over de luchtmacht vermeldt zeven Boeing P-26 jachtvliegtuigen, bewapende T-6 Texans, BT-13's, PT-19's en Stearmans die in 1943 werden geleverd.

Na de oorlog werd het vliegveld de school en tevens het hoofdkwartier van de luchtmacht. De Escuela Militar de Aviación was van 1947 tot 1989 op het vliegveld gevestigd, waarna het verhuisde naar de nieuwe zuidelijke basis in Retalhuleu. In de tussenliggende periode arriveerden op La Aurora de Mustangs vanaf juli 1954, de eerste T-33 straaljagers in januari 1963 en de A-37 Dragonflies in de jaren 70, hoewel de geraadpleegde bronnen niet duidelijk aangeven welke types op welk moment hier gestationeerd waren.

Op civiel gebied landde in 1959 een DC-8 van Panavías, een dochteronderneming van Pan American, als eerste commerciële straalvliegtuig nadat de landingsbaan was verlengd. Een nieuwe terminal, waaraan in 1966 was begonnen, werd in 1968 voltooid onder president Julio César Méndez Montenegro.

Sinds de reorganisatie van 2003, gecreëerd door Acuerdo Gubernativo 312-2003 van 19 mei 2003, is La Aurora de zetel van het Central Air Command "General José Víctor Mejía", dat Guatemala, Baja Verapaz, het zuiden van Alta Verapaz, Izabal, Zacapa, Jutiapa, Chiquimula, El Progreso, Chimaltenango, Sacatepéquez, omvat. Sololá, Totonicapán, het grootste deel van Quiché en Huehuetenango. De Comandancia van de FAG en de militaire luchtvaarttechnische school bevinden zich op hetzelfde veld. De burgerluchthaven om hen heen werd uitgebreid onder het Plan Nueva Aurora dat op 14 april 2005 werd gelanceerd, en de landingsbaan en taxibaan werden in maart 2010 hersteld.

Recente gebeurtenissen op de basis laten zien wat de luchtmacht nu is: een helikopter- en transportmacht met een veiligheidsrol. Op 15 december 2023, tijdens de 102e verjaardag, overhandigde president Alejandro Giammattei een Bell 429 aan de commandant, Juan Carlos Ponce Valdez, aldus AGN. Op 29 december 2024 meldde Infodefensa dat een Bell 407GX, die was vertrokken van het Centraal Luchtcommando om de veiligheidstroepen te ondersteunen, hoogspanningsleidingen boven de Chixoy-rivier had geraakt, waarbij beide piloten om het leven kwamen. En eind mei 2026 landde een C-130 van de Arkansas Air National Guard in La Aurora met materieel voor de FAG, gepresenteerd door beide regeringen als de hervatting van de samenwerking na decennia van onderbreking.

De luchtshow ter ere van het 103-jarig jubileum, op 8 december 2024, werd eveneens gehouden op FAG-installaties, met formatievluchten en parachutesprongen, aldus AGN; de locatie werd niet bij naam genoemd, maar La Aurora wordt verondersteld, hoewel niet bevestigd.