Ilopango fica na extremidade leste de San Salvador, a 618 metros de altitude. Durante décadas, foi tanto a porta de entrada do país quanto sua base aérea. A Wikipédia em inglês registra que o primeiro avião a jato a pousar lá, um Boeing 707-321B da Pan Am, chegou em 27 de abril de 1964, e que o aeroporto serviu à capital até 1980, quando o Aeroporto Internacional de El Salvador, em Comalapa, maior, assumiu as operações aéreas.

A Força Aérea permaneceu. O próprio histórico da brigada, elaborado pela FAS (Força Aérea Francesa), traça a sua organização de manutenção em Ilopango ao longo das décadas de 1940 e 1950: mais mecânicos em 1947, uma companhia de mecânica aeronáutica em 1955 e, em 1960, um grupo que combinava manutenção, suprimentos, rádio e transporte. Quando Comalapa se tornou uma segunda base aérea em 1988, parte desse grupo de apoio foi transferida para lá. Hoje, Ilopango é utilizada para voos militares, táxi aéreo e fretamento, um novo terminal civil foi inaugurado em 7 de dezembro de 2023 e o antigo terminal abriga o Museu Nacional da Aviação.

A guerra com Honduras começou com um ataque salvadorenho a Toncontín na noite de 14 de julho de 1969, e Honduras retaliou no dia seguinte. O histórico da FAS (Força Aérea Real Holandesa) relata que duas aeronaves hondurenhas atacaram Ilopango e Acajutla em 15 de julho, lançando quatro bombas sobre Ilopango com danos mínimos, e que os capitães Héctor Leonel Lobo Pérez e Douglas Vladimir Varela Moreno interceptaram os ataques. A Wikipédia em inglês acrescenta que os ataques hondurenhos às instalações petrolíferas de Acajutla e Cutuco custaram a El Salvador 20% de suas reservas de combustível.

Varela Moreno foi morto dois dias depois, abatido sobre Honduras. Todas as alegações daquela semana são de apenas um lado; os relatos das FAS e de Honduras estão descritos na página da Força Aérea.

O Exército Revolucionário Popular, um dos cinco grupos da FMLN, enviou uma equipe de forças especiais a Ilopango e colocou cargas explosivas nas aeronaves estacionadas. O Washington Post, em reportagem publicada no dia seguinte, afirmou que as explosões começaram por volta de 1h30 da manhã e que até mesmo as aeronaves dentro dos hangares foram gravemente danificadas; fontes próximas aos militares disseram ao jornal que pelo menos cinco dos 14 helicópteros americanos UH-1H e três dos cerca de 16 jatos de fabricação francesa foram atingidos. O Ministro da Defesa, General José Guillermo García, classificou o ataque como um ato terrorista e se recusou a divulgar números.

A história da FAS, escrita posteriormente, afirma que mais da metade da frota foi destruída. O historiador James Corum lista cinco Ouragans, seis Hueys e três C-47s destruídos, além de outras cinco aeronaves gravemente danificadas. O ataque mudou a guerra: em seis meses, os Estados Unidos entregaram seis A-37Bs, quatro O-2As e dois C-123Ks, e a frota de helicópteros que havia sido dizimada no pátio de Ilopango cresceu para 46 aeronaves até o final de 1984.

Ilopango foi formalmente designada Primeira Brigada Aérea em 4 de março de 1994, dois anos após os acordos de paz, tendo o Major Milton Antonio Andrade Cabrera como seu primeiro comandante. Seu Grupo de Operações possui dois esquadrões, helicópteros e transporte; um Grupo de Apoio Material e de Combate realiza a manutenção das aeronaves; e um Grupo Aéreo de Base inclui um batalhão de segurança com quatro companhias de fuzileiros e uma bateria antiaérea, fruto da experiência adquirida em 1982.

A missão oficial da brigada é fornecer às forças terrestres manobras, apoio aéreo aproximado limitado e transporte de equipamentos e pessoal, tanto em tempos de paz quanto de guerra. Na prática, isso significa os helicópteros UH-1H e Bell 412, que realizam operações de socorro em desastres, segurança e transporte de autoridades, além dos aviões de transporte Arava e Caravan. Os caças-bombardeiros partiram para Comalapa no final da década de 1980.

A mudança foi gradual. O histórico da Segunda Brigada Aérea, registrado pela FAS (Força Aérea Francesa), indica que 108 técnicos de aeronaves foram transferidos de Ilopango para a nova base em 1º de abril de 1986; que a base foi criada por ordem geral em 1º de agosto de 1986, mas inicialmente operava a partir de Ilopango; e que os trabalhos de manutenção e armamento só começaram em Comalapa em 13 de abril de 1988. Desde então, Ilopango tem sido a brigada dos helicópteros e aeronaves de transporte, e Comalapa, a dos jatos.