Beja, Portekiz'in başka bir hava üssüne ihtiyacı olduğu için inşa edilmedi. Batı Almanya'nın alana ihtiyacı olduğu için inşa edildi. Hava Kuvvetleri'nin kendi tarihçesine göre, 11 Numaralı Hava Üssü, Alman Hava Kuvvetleri'ne Orta Avrupa'nın kalabalık ve bulutlu gökyüzünden uzakta operasyonel eğitim için bir yer sağlayan ikili anlaşmaları karşılamak amacıyla 21 Ekim 1964 tarihli 20856 numaralı Portaria ile kuruldu; üs hala bu tarihi yıldönümü olarak kutluyor. Komuta ve hizmetler 1967'de çalışmaya başladı, altyapı 1968'de tamamlandı ve Beja'nın güneybatı ucuna 330 konutluk bir yerleşim bölgesi inşa edildi.

Hava Kuvvetleri kayıtlarına göre, 1970'ten 1973'e kadar Beja'da iki Luftwaffe F-104 filosu bulunuyordu; bu tarihte Almanya'daki bir yeniden yapılanma onları geri gönderdi. Burada sadece birer kaynak olarak kullanılan Alman kaynakları ise daha uzun bir hikaye anlatıyor: 1 Nisan 1963'te Köln-Wahn'da bir eğitim komutanlığı kuruldu, 1965'te Beja'ya taşındı ve Temmuz 1980'de 18 Alpha Jet ile değiştirilene kadar Fiat G.91'leri kullandı. Her iki versiyon da Beja'nın aynı zamanda bir destek havaalanı olarak hizmet verdiğini kabul ediyor ve Hava Kuvvetleri, Lufthansa ve TAP'ın burayı mürettebat eğitimi için kullandığını belirtiyor.

16 Ağustos 1979 tarihli Portekiz-Almanya anlaşması, Tagus Nehri'nin karşısındaki Alcochete atış poligonunda canlı atış da dahil olmak üzere operasyonel eğitim için kalıcı bir Alpha Jet filosunun kurulmasını sağladı. Bu durum, Almanya'nın yeniden birleşmesine ve ardından gelen kesintilere kadar sürdü. Anlaşma 1993'te yenilenmedi; Alman komutanlığı 16 Aralık 1993'te görevden alındı ve 31 Mart 1994'te resmen feshedildi. Portekiz, tazminat olarak 50 adet fazla Alpha Jet uçağı talep etti ve bunları ücretsiz olarak aldı; bu uçaklar Beja'nın sonraki 25 yılını şekillendirdi.

Portekiz'in kalıcı varlığı, 1987 Ocak ayında, 1980 Temmuz ayından beri kullandığı Northrop T-38A Talon uçaklarıyla Monte Real'den taşınan 103. Filo "Caracóis" ile başladı. Hava Kuvvetleri, filonun Monte Real'den geldiğini söylerken, İngilizce Wikipedia Montijo'dan geldiğini belirtiyor ve Hava Kuvvetleri'nin kendi kayıtlarında da bu bilgi yanlış. T-38'ler Haziran 1993'te gitmişti ve 6 Ekim 1993'te filo, Beja'daki 301. Filo "Jaguares" saldırı filosunda da kullanılan eski Alman Alpha Jet uçaklarını kullanmaya başladı.

Tecnologia & Defesa'nın bildirdiğine göre, 50 Alpha Jet'ten yaklaşık 40'ı uçuş için tasarlanmış, 10'u ise yedek olarak tutulmuştur. 301. Filo, 2005 yılına kadar kara saldırı görevinde bu uçakları kullanmış, daha sonra Monte Real'e taşınarak F-16'lara geçmiştir. 103. Filo ise gelişmiş jet okulu olarak faaliyetlerine devam etmiştir. Kaynaklara göre toplamlar biraz farklılık göstermektedir: Fliegerweb 53.000 saat ve 170 jet pilotunun eğitildiğini, Tecnologia & Defesa 50.000 saatten fazla, Hava Kuvvetleri ise filonun tüm uçak tipleri için 100.000 saatten fazla uçuş süresi vermektedir.

Filo ayrıca Portekiz'e özgü gösteri uçuşlarını da yeniden canlandırdı. 2001 yılında Parelha da Cruz de Cristo adında bir Alpha Jet çifti oluşturdu; bu çift 2005 yılında Asas de Portugal adını aldı ve 2010 yılında hizmet dışı bırakıldı. Son Alpha Jet'ler Ocak 2018'de emekliye ayrıldı; Hava Kuvvetleri 13 Ocak, Fliegerweb ise 18 Ocak tarihini veriyor. Gelişmiş jet eğitimi yurt dışına taşındı ve Hava Kuvvetleri'nin ifadesiyle 103. Filo yeni uçakları beklemeye bırakıldı.

Almanların ayrılmasıyla yer açıldı ve Hava Kuvvetleri bu boşluğu hızla doldurdu. 16 Kasım 1993'te Alouette III filosu, Esquadra 552 “Zangões”, Tancos'tan Beja'ya taşınarak nakliye, taktik destek, uçuş eğitimi ve kıyı kurtarma hizmetleri sağladı. Şubat 2000 ile Temmuz 2002 arasında, Doğu Timor'daki BM misyonuna dört Alouette gönderdi; bu helikopterler 2.700 saat uçuş yaptı ve 10.000'den fazla yolcu ve 131 yaralı taşıdı. 2004'ten 2010'a kadar filo ayrıca Rotores de Portugal helikopter gösteri ekibini de uçurdu.

İlk AgustaWestland AW119 Mk II Koala, 16 Şubat 2019'da geldi. Alouette III, Hava Kuvvetlerinin 57 yılda 300.000 saati aşkın uçuş süresi olarak kaydettiği hizmetin ardından, 17 Haziran 2020'de Portekiz'deki son sortisini gerçekleştirdi. Koala, şamandıralar, kurtarma vinci ve kırsal yangınlarla mücadele için bir kova da dahil olmak üzere 1.400 kg'lık askı yükü ekliyor. Pilot dışında yedi yolcu kapasitesine sahip olan filo, taktik nakliye, eğitim ve kurtarma görevlerinde hala kullanılıyor.

Temel pilot eğitimi zaman içinde yer değiştirdi. 1989'da 18 adet Socata TB-30 Epsilon satın alan 101. Filo "Roncos", 1993'ten itibaren Beja'daydı, 2009'da Sintra'ya gitti ve 1 Temmuz 2020'de geri döndü. Şimdi ise hem eğitim hem de 2005 yılında Alpha Jet'lerle birlikte Beja'dan ayrılan hafif saldırı görevini devralacak olan Embraer A-29N Super Tucano'yu teslim alıyor.

601. Filo “Lobos”, deniz devriyesi ve denizaltı avı amacıyla Mart 1986'da Montijo'da kuruldu. Portekiz için yeniden inşa edilen altı eski Avustralya P-3B'sinden biri olan ilk P-3P uçağı, 7 Ağustos 1988'de geldi. 1992'den 1996'ya kadar Adriyatik'teki Keskin Muhafız Operasyonu kapsamında filo, 576 görev ve 3.712 saat uçuş gerçekleştirdi. 19 Şubat 2008'de Beja'ya taşınarak Alentejo üssüne ilk kez denizcilik rolü kazandırdı.

P-3P'lerin yerini, Hollanda'dan alınan beş adet eski P-3C CUP+ uçağı aldı. İlki Ağustos 2010'da geldi ve P-3P, 25.000 saati aşkın bir sürenin ardından 13 Ekim 2011'de son operasyonel uçuşunu gerçekleştirdi. Yeni uçaklar doğrudan Hint Okyanusu'na gönderildi: 2010 yılında Seyşeller'den AB'nin Atalanta Operasyonu'nda 40 görev ve 320 saati aşkın uçuş, ardından 2011 yılında NATO'nun Okyanus Kalkanı Operasyonu'nda 30 görev ve 245 saat uçuş gerçekleştirdi; filo bunu "ilk savaş deneyimi" olarak adlandırıyor.

Eylül 2023'te Portekiz, Alman Donanması'ndan altı adet P-3C uçağını, orta ömür yükseltme kitleri, yedek parçalar, test ekipmanları ve simülatörlerle birlikte satın almayı kabul etti. İlk uçak 9 Şubat 2024'te saat 14:20'de Beja'ya indi. Bu, güzel bir tarihsel döngü: Almanya'nın kendi eğitimi için inşa ettiği üs, 1993'te Alpha Jet'lerde olduğu gibi, bir kez daha Alman fazlalık uçaklarını alıyor. Altı uçaktan kaçının uçacağı ve kaçının yedek parça olarak kullanılacağı açıklanmadı.

Beja, Hava Kuvvetlerinin en yeni uçaklarını konuşlandırdığı yerdir. 20 Mayıs 2023'te Hava Kuvvetleri Komutanının 39/2023 sayılı emriyle kurulan 506 numaralı "Rinocerontes" filosu, Embraer KC-390 uçaklarını nakliye, havadan havaya yakıt ikmali ve yangın söndürme görevlerinde kullanmak üzere oluşturulmuştur. Adı, 1515 yılında Kral Manuel I'e gönderilen Hint gergedanını anımsatmaktadır. İlk uçak, transatlantik bir teslimat uçuşunun ardından 19 Ekim 2023'te saat 16:30'da Beja'ya indi; C-130H'lerin yerini almak üzere 2019 yılında 827 milyon euro karşılığında, bir simülatör ve on iki yıllık destekle birlikte beş adet sipariş verilmişti.

Üçüncü bir KC-390 18 Temmuz 2025'te, dördüncüsü ise (yakıt ikmal kitiyle donatılmış ilk uçak) 24 Ocak 2026'da geldi; altıncı bir uçak da sipariş edildi. Filo'nun ilk önemli yardım görevi, 26-27 Haziran 2026'da, iki KC-390'ın Beja'dan Venezuela'ya, oradaki depremlerin ardından 64 Portekizli acil durum personeli ve yaklaşık 23 ton yardım malzemesiyle birlikte kalkmasıyla gerçekleşti.

İkinci yeni tip ise A-29N Super Tucano. Portekiz, Aralık 2024'te yaklaşık 200 milyon euro karşılığında 12 adet sipariş verdi ve NATO konfigürasyonlu ilk örnekler, 17 Aralık 2025'te Alverca'daki OGMA'da Beja'daki 101. Filo'ya teslim edildi. Aynı törende, Beja'da A-29N üretebilecek bir uçak fabrikası kurulması için niyet mektubu imzalandı; Aviationist'in belirttiğine göre bu, Brezilya ve Florida'dan sonra bu tipin üçüncü üretim hattı olacak. Üretim başlangıç tarihi henüz açıklanmadı.

Almanya'nın finanse ettiği pistler her zaman cazip bir sivil varlık olmuştur. 2006 ve 2008 yılları arasında Avrupa bölgesel fonlarından ve devlet bütçesinden 33 milyon euroya mal olan bir sivil terminal, üssün yanında açıldı. İlk ticari uçuş, 13 Nisan 2011'de saat 18:25'te, Yeşil Burun Adaları'ndaki Fogo'ya giden 70 yolculu bir TACV Boeing 757-200 ile gerçekleşti. ANA Aeroportos de Portugal imtiyazı elinde bulunduruyor; ulusal AIP, 11. Hava Üssü komutanını askeri işletmeci olarak adlandırıyor ve askeri faaliyetlerin öncelikli olduğunu belirtiyor.

Yolcular bu uygulamayı takip etmedi. Observador ilk üç yılda 6.624 yolcu ve 245 uçuş kaydetti; Londra, Stuttgart ve Hannover'e yapılan charter seferleri gelip geçti ve 2014'te planlanan Paris seferlerinden dördü tamamlandıktan sonra iptal edildi. 2017'de ANA, havaalanının esasen park ve bakım için kullanıldığını belirterek, insanların havaalanlarına değil, varış noktalarına uçtuğunu söyledi. İngilizce Wikipedia, ANA'ya atıfta bulunarak 2018'de 5.096 yolcu olduğunu belirtiyor.

Bunun yerine Beja bir uçak parkına dönüştü. Hi Fly, 2016'dan beri burayı park ve hat bakımı için kullanıyor ve 2018'den 17 Aralık 2020'ye kadar Airbus A380'ini burada konuşlandırdı. Kardeş şirketi Mesa, 12 Ocak 2021'de 30 milyon avroluk bir bakım hangarı açtı. Planlanan Embraer A-29N fabrikası ise üçüncü bir endüstriyel kullanım alanı ekleyecek. Hava Kuvvetleri için bu düzenleme çoğunlukla sessiz: Askeri birlikler pistte önceliği elinde tutuyor ve sivil taraf nadiren rekabet edecek kadar yoğun oluyor.