イギリス空軍は1939年、当時ウェルズリー州と呼ばれていたバターワースに、維持管理を前提とした飛行場の開発を開始し、1941年10月にようやくRAFバターワース基地として開設した。RAAF協会のためにヒュー・クロウザーが著した歴史書は、その後の出来事について率直に述べている。「1941年12月に日本軍が基地を攻撃した際、基地は準備不足だった」。"

ウィキペディアのマレー戦役の記述によると、第7飛行隊のKi-21爆撃機は侵攻初日にアロースター、スンガイ・ペタニ、バターワースを攻撃した。この日は約60機の連合軍機が失われ、そのほとんどは地上で撃墜された。第62飛行隊のブレンハイム爆撃機はアロースターからバターワースに移動し、12月10日にタイピンに移動した。この飛行場は1941年12月20日に日本軍第25軍の部隊によって占領され、1945年9月まで日本軍の手に留まった。.

イギリス空軍は戦後復帰し、1946年5月に飛行を再開した。1950年からは、バターワースはマラヤ非常事態における極東空軍の基地の一つとなり、ウィキペディアには、ヴェノム戦闘機からブラッドハウンドミサイルまで、同基地で使用された兵器訓練キャンプや飛行隊が列挙されている。.

1957年、イギリス空軍は基地を閉鎖し、飛行場をオーストラリアに移管した。オーストラリア空軍は1958年6月30日に正式に管理を引き継ぎ、バターワースは、オーストラリア空軍が基地のウェブページに掲載した記述によれば、オーストラリア国外で運用する唯一の常設主要空軍基地となった。第2飛行隊のキャンベラ爆撃機は1958年7月に到着し、ウィキペディアによると、到着後すぐにゲリラ目標に対する編隊爆撃を行った。同機は1967年に南ベトナムのファンランに移るまで駐留した。.

この基地はバターワースとペナンの街並みを大きく変えた。マレー・メール紙は2015年に、オーストラリア軍関係者とその家族が1970年代に約5,000人に達し、島内のタンジュン・ブンガ、タンジュン・トコン、バトゥ・フェリンギに居住していたと報じた。基地は地元住民にも医療サービスを提供する病院を運営しており、ラジオRAAFバターワースの土曜夜の特別番組は、ペナンの人々に西洋のポップミュージックを紹介した。ウィキペディアによると、ペナンにあるRAAFの学校は1962年5月9日に開校し、1977年には生徒数が約1,100人でピークに達した。.

ウィキペディアによると、基地の管理権は1970年にマレーシア空軍に移管され、敷地はマレーシア政府に譲渡されたが、オーストラリア軍の存在感は依然として大きく、最後の戦闘機が撤退した1987年と1988年にようやく学校が閉鎖された。.

オーストラリアの戦闘機はキャンベラとともに到着した。第3飛行隊は1958年からバターワース基地からCA-27セイバーを運用し、第77飛行隊とともに非常事態の末期とコンフロンタシに参加した。ウィキペディアによると、1964年8月以降、インドネシア空軍のMiG-21がマレーシア領空に接近した際、両飛行隊は何度か緊急発進したが、インドネシア機は境界線を越える前に必ず引き返し、交戦は記録されていない。.

ミラージュIIIOは2段階でセイバーに取って代わった。第75飛行隊は1967年5月18日に到着し、ウィリアムタウンで再装備された第3飛行隊は、第77飛行隊が帰国した1969年2月に帰還した。ミラージュはまた、シンガポールのテンガとパヤレバーに分遣隊を派遣した。第75飛行隊は1983年10月にダーウィンに撤退し、第3飛行隊は1986年にオーストラリア空軍初のホーネット飛行隊となるために去った。残った部隊は第79飛行隊となり、1988年5月の同飛行隊の撤退により、バターワースにおけるオーストラリア戦闘機の30年の歴史に幕が下ろされた。.

1971年に五カ国防衛協定が発効すると、バターワースはマレーシアとシンガポールの防空を共同で指揮する統合防空システムの拠点となった。ウィキペディアによると、この本部は2001年に統合地域防衛システムと改称され、現在では五カ国の陸海空軍の三軍すべてが参加しており、オーストラリア空軍少将が指揮を執っている。英国からは将校と下士官合わせて5名が派遣されている。.

司令部は、数十機の航空機と艦船が集結する年次演習「ベルサマ・シールド」と「ベルサマ・リマ」を統括している。2019年9月には、イギリス空軍第II(AC)飛行隊のタイフーン戦闘機6機と200名以上の人員が、ボイジャー空中給油機の支援を受け、ベルサマ・リマ19のためにバターワース基地へ飛来した。オーストラリア空軍は、第19飛行隊と第92航空団A分遣隊を、オーストラリア陸軍はライフル中隊と訓練部隊をここに駐留させている。.

マレーシア空軍にとって、バターワースは北部の戦闘機基地である。1997年3月から8月にかけて、8機のF/A-18Dホーネット（すべて複座型）が納入され、第18飛行隊に配備された。そのうち3機は、2013年3月5日にサバ州ラハド・ダトゥで行われた最初の攻撃に参加した。ウィキペディアによると、第15飛行隊のホーク戦闘機と第3飛行隊がリースしたAW139ヘリコプターも同基地に配備されている。.

機体数は少なく、老朽化が進んでいる。2025年8月21日にエンジン火災でホーネット1機が失われ、クウェートの退役F/A-18C/Dを追加する計画は2026年2月に中止されたため、2023年に発注されたKAI FA-50Mが次の新型ジェット機となる。AIPでは、飛行場には2,438mの滑走路1本（18/36）が与えられ、非軍用機はすべて事前の許可が必要となる。.