De militaire vliegactiviteiten op Balıkesir begonnen tijdens de Tweede Wereldoorlog. Volgens persbureau Anadolu (april 2024) werd de basis op 22 juli 1942 opgericht, toen de 1e Verkenningscompagnie van het 5e Vliegtuigregiment vanuit Çorlu in Thracië verhuisde. Het persbureau meldt dat de eenheid in 1951 werd verheven tot brigadeniveau en, na de introductie van het T-33 trainingsvliegtuig, de eerste straaljagerbasis werd. De huidige naam, 9e Hoofdstraaljagerbasiscommando (9'uncu Ana Jet Üs Komutanlığı), werd in 1953 verkregen.

In een artikel uit 2013 van hetzelfde persbureau wordt het verhaal vanuit het perspectief van de straaljagers verteld, met 1951 als oprichtingsjaar. In 1950 besloot de luchtmacht straalvliegtuigen aan te schaffen en op 15 oktober 1950 werden acht piloten naar de Verenigde Staten gestuurd voor een straaljageropleiding. Ze keerden terug op 31 augustus 1951, de T-33's werden gestationeerd in Balıkesir en op 29 maart 1952 arriveerden acht F-84G Thunderjets, Turkije's eerste straaljagers. De twee data spreken elkaar niet zozeer tegen, maar meten wel verschillende dingen: 1942 voor de vliegveldeenheid, 1951 voor de straaljagerbasis.

F-16.net voegt een eerdere laag toe die de Anadolu-verslagen niet vermelden. Het vermeldt dat 191 en 192 Filo in 1947 in Balıkesir werden geactiveerd, de eerste met V-11-vliegtuigen en de tweede met Hawker Hurricane Mk IIC's. Beide werden in 1948 en 1949 omgebouwd tot P-47D Thunderbolts en kregen hun driecijferige nummers in 1951. Dit zijn gegevens van een gespecialiseerde website en zijn niet bevestigd door een officiële Turkse bron.

Het oudste squadron in Balıkesir is 191 Filo, met de roepnaam Kobra. De ontstaansgeschiedenis wordt verschillend beschreven door persbureau Anadolu en F-16.net, en deze website publiceert beide versies. Volgens het verslag van Anadolu uit 2013 werd het squadron opgericht als de 41e Vliegtuigcompagnie (41. Tayyare Bölüğü) in Kütahya en verhuisde het achtereenvolgens naar Merzifon, Eskişehir en Mürted voordat het in 1967 in Balıkesir arriveerde. Het schakelde in 1956 over op de F-86 en kreeg de roepnaam Kuğu (Zwaan), en in 1964 op de F-104, waarna het Kobra werd. In 1973 werd het hernoemd tot 191e Squadron Commando en in 1994 ontving het F-16C/D's.

F-16.net vermeldt echter dat het squadron in 1947 in Balıkesir werd geactiveerd en vanaf 1952 met F-84G's vloog, vanaf 1963 met F-84F's, van 1969 tot 1980 met F-104G en F-104S Starfighters, en vanaf 1990 met F-16's. De verschillen zijn reëel: de aankomstdatum in Balıkesir (1947 of 1967), de datum van de Starfighters (1964 of 1969) en de ombouw naar F-16's (1990 of 1994). De cijfers van Anadolu weerspiegelen de interpretatie van het Turkse leger en worden hier als de belangrijkste bron gebruikt; geen van beide versies is gecontroleerd aan de hand van een officiële eenheidsgeschiedenis.

Het meest recente hoofdstuk is alleen vastgelegd door F-16.net: het squadron werd ontbonden na de couppoging van 15 juli 2016, waarna de vliegtuigen werden overgedragen aan 151 Filo. Het squadron werd in 2021 opnieuw geactiveerd, en de terugkeer werd bevestigd door deelname aan Anatolian Eagle 2022. Een rapport van persbureau Anadolu uit april 2024 toont 191 Filo in actieve dienst, die paraatheids- en antiterrorismemissies uitvoert. F-16.net vermeldt het squadron op Block 50-vliegtuigen voor multifunctionele taken, het uitschakelen van vijandelijke luchtdoelverdediging en aanvalsmissies.

Het tweede squadron, 192 Filo "Kaplan" (Tijger), heeft een geschiedenis die bijna alle westerse gevechtsvliegtuigen omvat waarmee Turkije heeft gevlogen. F-16.net vermeldt Hurricanes in 1947, P-47D's vanaf 1948, F-84G's vanaf 1952, F-84F's vanaf 1961, F-5A's vanaf 1970, F-104S Starfighters vanaf 1976 en F-104G's vanaf 1988, voordat ze in 1992 werden omgebouwd tot F-16C/D's van de Blocks 40 en 50. Geen van deze data is gecontroleerd aan de hand van een officiële eenheidsgeschiedenis.

De F-16's van Balıkesir hebben deelgenomen aan NAVO-operaties in het buitenland. Volgens F-16.net was 192 Filo gedurende heel 1994 gestationeerd in Ghedi in Noord-Italië voor Operatie Deny Flight boven Bosnië en Herzegovina, en opnieuw van 22 december 1996 tot 31 december 1997 voor Operatie Deliberate Guard ter ondersteuning van SFOR. 191 Filo volgde van 23 maart tot 10 juni 1999 naar Ghedi voor Operatie Allied Force against Serbia, de campagne die door persbureau Anadolu Agency de Kosovo-operatie wordt genoemd.

De status van het squadron is onderwerp van discussie in de bronnen. De Engelstalige Wikipedia vermeldt 192 Filo als opgeheven; F-16.net vermeldt het als actief en meldt de aanwezigheid ervan op de NATO Tiger Meet van 2023, waar het de prijs voor het beste uniform won, en de aanwezigheid van de vliegtuigen op Teknofest in 2025. De latere data maken F-16.net de meest recente bron, maar er is geen officiële Turkse verklaring over de status van het squadron gevonden. Het wordt hier daarom beschouwd als actief, maar onbevestigd.

De tweede functie van Balıkesir is het opleiden van piloten. Piloten van de Turkse luchtmacht leren vliegen in Çiğli, vlakbij İzmir, met de SF-260D, KT-1T en T-38M; degenen die geselecteerd worden voor gevechtsvliegtuigen komen vervolgens naar Balıkesir. Een rapport van persbureau Anadolu uit april 2024, gepubliceerd ter gelegenheid van de Wereldpilotendag, beschrijft hoe 193 Filo, het Öncel (Pionier) squadron, een intensieve cursus van ongeveer acht maanden verzorgt die gekwalificeerde straaljagerpiloten opleidt tot F-16 piloten, terwijl 191 Filo operationele paraatheid garandeert.

193 Filo is het nieuwste squadron op de basis. Volgens F-16.net nam het in juli 2018 de tradities van 153 Filo over en beschikt het over F-16C/D's van de Block 30 en Block 50. De basiscommandant in april 2024 was generaal-majoor Cihangir Kemal Yüzçelik, die samen met de squadrons de Wereldpilotendag vierde, aldus het persbureau.

Een artikel van persbureau Anadolu uit 2013 schetst een beeld van de piloten die uit de opleidingsketen komen. Het portretteerde eerste luitenant Faruk Mantı, destijds piloot bij de 191e Filo-eenheid, met drie jaar ervaring op de F-16 en meer dan twee jaar in Balıkesir. Hij had ongeveer 700 vlieguren op zijn naam staan, waarvan 450 op de F-16. Volgens het persbureau werden gevechtspiloten in het trainingssysteem van die tijd eerst opgeleid op de F-5 in Konya, voordat ze overstapten op de F-16. Mantı vertelde dat hij piloot was geworden dankzij een poster die hij op de middelbare school had gezien en noemde de F-16 het mooiste vliegtuig ter wereld.

Het persbureau Anadolu Agency kent de 9e Hoofdstraaljagerbasis een breed verantwoordelijkheidsgebied toe: de westelijke Zwarte Zee, Thracië, de Zee van Marmara en de Egeïsche Zee. In hun rapport uit 2024 noemen ze het de vesting van West-Anatolië (Batı Anadolu'nun kalesi). De basis is een van de twee gevechtsvliegtuigbases in de provincie Balıkesir; de andere is Bandırma aan de Zee van Marmara. De krant Hürriyet schreef in 2009 dat Balıkesir "een knooppunt is voor Turkse straaljagers, die vaak in gevecht raken met Griekse gevechtsvliegtuigen in het betwiste luchtruim boven de Egeïsche Zee"; de Turkse en Griekse regeringen hebben tegengestelde officiële standpunten over dat luchtruim.

De alertheid is zichtbaar in het nieuws. Op 4 september 2016 stegen volgens de krant Hürriyet twee F-16's op vanaf Balıkesir om een Bell 430-helikopter van zakenman Ali Ağaoğlu te identificeren. De helikopter was vertrokken vanaf het eiland Avşa zonder te zijn opgemerkt door de luchtverkeersleiding. Latere berichten schreven het probleem toe aan slechte radioontvangst op lage hoogte. Op 25 februari 2026 stegen twee F-16's op na een onbekende radarwaarneming aan de Bulgaarse grens. Een van de toestellen stortte neer, waarbij de piloot om het leven kwam.

Het ernstigste verlies van de basis in de Egeïsche Zee vond plaats op 8 oktober 1996, toen een tweezits F-16 die was opgestegen vanuit Balıkesir voor een training neerstortte nabij Chios na een confrontatie met Griekse Mirage 2000's, waarbij kapitein Nail Erdoğan om het leven kwam. Volgens een aanklacht uit 2016, gepubliceerd door Hürriyet Daily News, heeft een Griekse piloot het toestel neergeschoten; het incident werd aanvankelijk geregistreerd als een luchtgevecht en een ongeluk, waarna het Griekse ministerie van Buitenlandse Zaken hulp aanbood bij de zoektocht. Er werd geen officieel Grieks verslag van het gevecht gevonden in de geraadpleegde bronnen, dus de Turkse bewering wordt als zodanig gepresenteerd.

De landingsbaan wordt gedeeld met de burgerluchtvaart. De Staatsluchthavenautoriteit (DHMİ) vermeldt Balıkesir Merkez Airport (ICAO LTBF, IATA BZI) als een civiel en militair vliegveld, in gebruik voor burgerluchtverkeer sinds 1998, met een terminal van 6.500 vierkante meter en uitsluitend binnenlandse vluchten. Op de technische pagina staat één landingsbaan vermeld, 18L/36R, van 2.990 m bij 45 m, geasfalteerd, met een hoogte van 340 ft; de aanduidingen links en rechts suggereren een parallelle militaire landingsbaan die niet door DHMİ wordt vermeld.

DHMİ plaatst de luchthaven op 4 km van het stadscentrum op 39°37'10’ N, 27°55'34” O. Op dezelfde technische pagina wordt het militaire karakter van de grondindeling weergegeven: verschillende platforms en een taxibaan zijn van beton met een PCN-waarde van 110, veel sterker dan de 6.500 vierkante meter grote civiele terminal nodig heeft, en de luchthaven is ingedeeld in brandveiligheidscategorie 6. De onafhankelijke OurAirports-database, die alleen ter controle is gebruikt, vermeldt het vliegveld als Balıkesir Airport en merkt op dat het ook bekend staat als Balıkesir Air Base of Balıkesir Central.

De couppoging van 2016 bereikte Balıkesir. Sedat Ergin schreef in de krant Hürriyet dat de basis in Balıkesir, samen met Akıncı, Erkilet, İncirlik en Denizli-Çardak, onder controle stond van de coupplegers in de nacht van 15 juli en de bevelen van het Gecombineerde Luchtoperatiecentrum in Eskişehir negeerde. In november 2016 arresteerde de politie piloten in acht provincies, waaronder Balıkesir, vanwege vermeende banden met de Gülenbeweging, die Ankara verantwoordelijk houdt voor de couppoging. Het officiële verslag van wat er die nacht op de basis gebeurde, is niet gevonden en wordt hier niet gereconstrueerd.