Torrejón is een product van de Koude Oorlog-overeenkomst tussen Franco's Spanje en de Verenigde Staten. Het Pact van Madrid, getekend op 26 september 1953, gaf Washington het gebruik van Spaanse lucht- en marinebases in ruil voor militaire en economische hulp, en maakte een einde aan het naoorlogse isolement van het regime. De landenstudie van de Library of Congress merkt op dat Spaanse leiders al snel klaagden dat de ontvangen leveringen niet overeenkwamen met de waarde van de bases die ze hadden afgestaan. Torrejón, 24 km ten oosten van Madrid op de vlakte naast de stad Torrejón de Ardoz, was de grootste van de nieuwe luchtmachtbases.

Volgens de officiële geschiedenis van Ala 12 werd de basis "entró en servicio el 1 de junio de 1957 como base de utilización conjunta" (in gezamenlijk gebruik genomen). De eerste Spaanse gebruikers waren het hoofdkwartier van het luchtverdedigingscommando en een squadron F-86F Sabres. Engelstalige geschiedschrijvingen vermelden dat de Amerikanen een landingsbaan van ongeveer 4100 meter (13.400 voet) aanlegden en deze een tijdlang de langste van Europa noemden; deze bewering is afkomstig van Wikipedia en is niet bevestigd. De huidige AIP (Airborne Information Platform) publiceert een landingsbaan van 3658 meter, 04/22, met een kortere strook van 2752 meter die uitsluitend voor militair gebruik bestemd is.

Gedurende het eerste decennium behoorde het Amerikaanse deel tot het Strategic Air Command. De 3970th Strategic Wing werd op 1 juli 1957 geactiveerd ter ondersteuning van Operatie Reflex, waarbij B-47 Stratojet-eskaders naar vooruitgeschoven bases werden gestationeerd omdat de bommenwerper niet het bereik had om vanuit de Verenigde Staten aan te vallen. Op 25 juni 1966 werd de 3970th Strategic Wing vervangen door KC-135 Stratotankers voor bijtanken boven de Atlantische Oceaan, Europa en de Middellandse Zee, en werd op 31 december 1976 opgeheven. Het hoofdkwartier van de Sixteenth Air Force, eveneens gevestigd in Torrejón, werd op 15 april 1966 overgedragen van SAC aan US Air Forces in Europe.

Het tijdperk van de gevechtsvliegtuigen begon op 27 april 1966, toen de 401e Tactical Fighter Wing arriveerde vanuit de Engelse luchtmachtbasis in Louisiana met F-100D/F Super Sabres. Het was een geallieerde eenheid, geen Spaanse, en gedurende 26 jaar huisvestte het roulerende gevechtsvliegtuigdetachementen voor NAVO-paraatheidstaken in Italië en Turkije. Twee van de squadrons, de 612e en 614e, werden tijdens de oorlog in Zuid-Vietnam naar Phan Rang en Phu Cat gestuurd en keerden daarna terug naar Torrejón.

De vliegtuigen van de wing volgden de Amerikaanse frontlinie. In 1970 stapte de wing over op de F-4 Phantom (op de eigen stamboompagina van de wing staat F-4E; in het basisartikel staat alleen F-4), in september 1973 op de F-4C en in 1978 of 1979 op de F-4D, afhankelijk van de bron. De eerste F-16A/B Fighting Falcons arriveerden op 5 februari 1983, en de Block 30 F-16C/D's volgden tussen eind 1987 en september 1988; de stamboompagina vermeldt juli 1988. De 612e, 613e en 614e Tactical Fighter Squadrons voerden blauwe, gele en rode staartstrepen.

Tijdens de Golfoorlog van 1990-1991 werd de 612e naar Incirlik in Turkije gestuurd en de 614e naar Doha, waar het de eerste Amerikaanse militaire eenheid werd die in Qatar gestationeerd was. Tegen die tijd waren de dagen van de wing in Spanje geteld. De squadrons werden tussen 28 juni 1991 en 1 januari 1992 opgeheven; het USAF-gedeelte van de basis werd op 21 mei 1992 naar Spanje overgedragen en de wing verhuisde op papier naar Aviano in Italië, zonder vliegtuigen of personeel. De officiële Spaanse geschiedschrijving dateert het vertrek van de laatste Amerikaanse eenheid in mei 1993.

De Amerikaanse aanwezigheid in Torrejón was nooit louter technisch van aard. Na de dood van Franco werden de basisovereenkomsten in 1976 hernieuwd in de vorm van een Verdrag van Vriendschap en Samenwerking, en opnieuw bij decreet in 1982 nadat Spanje zich bij de NAVO had aangesloten. De socialistische regering van Felipe González legde vervolgens op 2 maart 1986 een referendum voor over het voortzetten van het NAVO-lidmaatschap; 52,6 procent stemde voor en 39,8 procent tegen. Uit een onderzoek van de Library of Congress blijkt dat een vermindering van de Amerikaanse militaire aanwezigheid een van de voorwaarden was.

De nieuwe achtjarige overeenkomst die in januari 1988 werd aangekondigd, zo stelt het onderzoek, "riep op tot een aanzienlijke vermindering van de Amerikaanse aanwezigheid in Spanje en beëindigde de Amerikaanse militaire en economische steun". Voor Torrejón betekende dit het vertrek van de F-16's van de 401e, die binnen drie jaar, medio 1991, moesten vertrekken, en een halvering van bijna het aantal Amerikaanse troepen dat in Spanje was gestationeerd.

Ook de buren van de basis betaalden een prijs in bloed. Op 12 april 1985 verwoestte een bom restaurant El Descanso in Torrejón de Ardoz, een plek die vaak bezocht werd door Amerikaanse militairen, waarbij 18 mensen om het leven kwamen, allemaal Spanjaarden. Van de 82 gewonden waren er 11 tot 15 Amerikanen van de basis, afhankelijk van de bron. Het Spaanse onderzoek werd in 1987 gesloten zonder arrestaties; minister van Binnenlandse Zaken José Barrionuevo achtte de bewering van de Islamitische Jihad Organisatie het meest geloofwaardig.

De Spaanse gevechtsvliegereenheid begon in april 1958 met het 61e Escuadrón en zijn F-86F Sabres, opgericht in Getafe en verplaatst naar Torrejón in mei 1959; het koos een kat als embleem. In april 1965 vond een reorganisatie plaats waardoor het 161e Escuadrón werd met 21 F-104G Starfighters, waarbij de roepnaam Tenis behouden bleef. De officiële geschiedenis vermeldt 18.000 vlieguren zonder één ernstig ongeluk in de ene passage en 17.000 uur in een andere; beide zijn hier gepubliceerd. De F-104's verlieten de eenheid op 25 januari 1973.

Op 25 maart 1971 kreeg de eenheid officieel de naam Ala 12, en binnen enkele dagen arriveerden er tweedehands F-4C Phantoms van de Amerikaanse luchtmacht, vliegtuigen die volgens de luchtmacht in de Vietnamoorlog hadden gevlogen. Ze vormden de basis van 121 Escuadrón, met de roepnaam Póker. Vier RF-4C verkennings-Phantoms volgden vanaf oktober 1976, en er kwamen er meer aan in 1989 en opnieuw eind 1995 met gemoderniseerde avionica. De Phantoms maakten 90.000 vlieguren voordat de 14 overgebleven RF-4C's in oktober 2002 werden uitgefaseerd, toen 123 Escuadrón (Titán) werd opgeheven.

De Hornets kwamen in maart 1989 in gebruik: 36 een- en tweezits F-18's over een periode van drie jaar, waarbij 122 Escuadrón als eerste werd omgebouwd. Een tijdelijk 124 Escuadrón (Mambo) trainde nieuwe bemanningen totdat die taak in 1995 werd overgenomen door Ala 15 in Zaragoza. Ala 12 was de eerste wing die in 2004 de mid-life update ontving, en de RecceLite-pod nam vanaf 2005 de verkenningstaken over en bereikte in november 2007 zijn volledige capaciteit. De wing telt ongeveer 600 mensen, waaronder 100 burgers, en staat 24 uur per dag, 365 dagen per jaar paraat voor snelle reacties.

Van november 1994 tot juli 2002 vormde Ala 12, afwisselend met Ala 15, de kern van Destacamento Ícaro in Aviano, Italië, de basis waar de 401e in 1992 formeel naartoe was verhuisd. Vanuit daar voerden Spaanse Hornets de NAVO-operaties boven het voormalige Joegoslavië uit, waaronder de luchtkampagnes Deliberate Force boven Bosnië-Herzegovina (30 augustus tot 20 september 1995) en Allied Force boven Kosovo en Servië (24 maart tot 10 juni 1999), waarbij Spanje F/A-18's en KC-130 tankvliegtuigen inzette. Het detachement ontving de Medalla Aérea met collectief karakter, die door de luchtmacht wordt beschouwd als een van de belangrijkste onderscheidingen in vredestijd.

De Libische oorlog leidde tot een tweede gevechtsmissie. Op 19 maart 2011 stuurde 121 Escuadrón vier vliegtuigen naar Decimomannu op Sardinië als onderdeel van Destacamento Argos. 122 Escuadrón nam vanaf half mei de leiding over, totdat Ala 15 de eenheid op 6 juli 2011 afloste. In 2019 nam Ala 12 deel aan de NAVO-missie Baltic Air Policing, die op 3 november eindigde.

De toekomst van de eenheid is minder zeker dan het verleden. Spanje tekende op 20 december 2024 een contract voor 25 Eurofighters in het Halcón II-programma, bedoeld ter vervanging van de EF-18M's van Ala 12 en Ala 15, maar de gespecialiseerde website Aeronaves Militares Españolas meldt dat er mogelijk nog een andere vervanger, wellicht de Turkse KAAN, gezocht zal worden voor de Hornets. Er is deze keer geen officiële datum voor de heruitrusting van Torrejón bekend.

Torrejón is veel meer dan alleen een gevechtsvliegtuigbasis. Wikipedia vermeldt 43 Grupo met zijn Canadair CL-215 en Bombardier 415 brandbestrijdingsvliegtuigen, 47 Grupo voor elektronische oorlogsvoering en 54 Grupo voor vluchtproeven op het veld; de officiële pagina van Ala 12 vermeldt het Centro Logístico de Armamento y Experimentación (CLAEX) aldaar. Deze eenheden werden in deze editie niet bevestigd op een officiële pagina. Vanaf midden jaren negentig was de basis ook de tweede burgerluchthaven van Madrid, als vervanging voor Barajas; deze sloot op 1 februari 2013 voor burgerluchtvaart en de AIP vermeldt het nu alleen nog als technisch alternatief voor Barajas op basis van een overeenkomst.

De regerings- en VIP-vloot vertrekt vanaf hier. Volgens Aeronaves Militares Españolas ontving 452 Escuadrón van Ala 45, voorheen 45 Grupo, op 30 november 2021 de eerste van drie ex-Iberia A330-200's, aangeduid als T.24. Deze worden door Airbus in Getafe omgebouwd tot A330 MRTT-tankvliegtuigen en het eerste omgebouwde toestel, TK.24-02, werd op 29 oktober 2025 geleverd. Op 25 augustus 2026 heeft de Raad van Ministers een raamovereenkomst met Polen goedgekeurd voor de gezamenlijke aankoop van MRTT-vliegtuigen ter waarde van 5,4 miljard euro, gefinancierd via het SAFE-instrument van de EU.

Op de basis zijn ook twee internationale organisaties gevestigd. Het satellietcentrum van de Europese Unie begon als het satellietcentrum van de West-Europese Unie (de EU geeft 1993, Wikipedia 1 juni 1992) en werd in 2002 een EU-agentschap; het levert op beeldmateriaal gebaseerde inlichtingen en vroegtijdige waarschuwingen aan de EU en heeft ongeveer 160 medewerkers. Het gecombineerde luchtoperatiecentrum Torrejón van de NAVO, dat ondergeschikt is aan het geallieerde luchtcommando, voert luchtbewaking uit boven het luchtruim ten zuiden van de Alpen.