Lang voordat het een luchtmachtbasis werd, was Palanquero een veeboerderij aan de rivier de Magdalena, de oude Colombiaanse waterweg naar het Caribisch gebied. Volgens de Engelstalige Wikipedia diende Hacienda Palanquero vanaf 1919 als vliegveld voor de Colombiaans-Duitse luchtvaartmaatschappij SCADTA, het jaar waarin Wet 126 de Colombiaanse militaire luchtvaart in het leven riep. Watervliegtuigen en later landvliegtuigen maakten hier een tussenstop op de route die Barranquilla met het binnenland verbond.

De oorlog met Peru veranderde de locatie in een militaire basis. Peruaanse burgers en troepen namen Leticia aan de Amazone in op 1 september 1932, en Colombia, dat slechts een handvol vliegtuigen had en geen bases in de buurt van de grens, kocht in allerijl vliegtuigen in het buitenland. Wikipedia meldt dat de regering in 1932 Palanquero koos als centraal gelegen militaire basis; president Enrique Olaya Herrera opende de basis op 27 augustus 1933 als nationaal vliegveld voor La Dorada. Toen het conflict eindigde, werden de bases in het Amazonegebied ontmanteld en de manschappen overgeplaatst naar nieuwe bases zoals Tres Esquinas, Palanquero en San José del Guaviare, aldus de Engelstalige Wikipedia-pagina over de geschiedenis van de luchtmacht.

Palanquero werd in de jaren 50 een basis voor straaljagers. De Spaanse Wikipedia vermeldt A-26C Invader-bommenwerpers die er vanaf 1955 gestationeerd waren en Canadair Sabre Mk 4-jachtvliegtuigen vanaf 1956. Colombia bereikte in 1972 de geluidssnelheid met achttien Mirage 5's, en dit type vloog in 2009 nog steeds vanaf Palanquero: op 15 mei van dat jaar slaagde Mirage 5 FAC 3031 er niet in om op te stijgen en schoot de piloot zichzelf met de schietstoel uit het toestel.

De Israëlische Kfir volgde. Colombia kocht in 1989-1990 twaalf ex-Israëlische Kfir C2's en één TC2 en moderniseerde ze tot C7-standaard. In februari 2008 tekende het land een contract voor nog eens 24 ex-Israëlische toestellen, en de vloot vliegt tegenwoordig als de Kfir C10/C12, de aanduiding die Infodefensa gebruikt. De Engelstalige Wikipedia telde in 2019 23 Kfirs in dienst. Ze worden gevlogen door Escuadrón de Combate 111 'Dardos', Colombia's enige gevechtseskader, en zijn op grote schaal ingezet bij grondaanvallen tegen de guerrillastrijders. Het einde van de Kfir-vloot werd in april 2025 aangekondigd door president Gustavo Petro, en de eerste werd in mei 2025 buiten dienst gesteld als grenswacht. Desondanks meldde Infodefensa dat Kfir C10/C12's in september 2026 op bevel van president Abelardo de la Espriella bewapende patrouilles boven het noorden van het land uitvoerden.

Op 30 oktober 2009 ondertekenden Colombia en de Verenigde Staten een aanvullende overeenkomst over samenwerking op het gebied van defensie en veiligheid. Het Colombiaanse Constitutionele Hof somt de installaties op die het openstelde voor Amerikaans personeel: de luchtmachtbases Germán Olano Moreno in Palanquero, Alberto Pauwels Rodríguez in Malambo en Luis Fernando Gómez Niño in Apiay, de legerforten Tolemaida en Larandia, en de marinebases in Cartagena en Bahía Málaga. Een rapport van de Amerikaanse Congressional Research Service uit 2012 merkt op dat de overeenkomst, die Amerikaanse troepen toestond zeven militaire faciliteiten te gebruiken, de Venezolaanse president Hugo Chávez "verder woedend maakte".

De overeenkomst heeft in die vorm de Colombiaanse grondwettelijke toetsing niet doorstaan. In Auto 288 van 17 augustus 2010 (zaken D-7964 en D-7965, verslag van rechter Jorge Iván Palacio Palacio) oordeelde het Constitutioneel Hof dat de tekst nieuwe verplichtingen voor Colombia creëerde die verder gingen dan de samenwerkingsovereenkomsten van 1952, 1962 en 1974, dat het daarom een verdrag betrof en dat het geen rechtskracht kon hebben voordat het door het Congres en de automatische toetsing van het Hof was goedgekeurd. Wat de Amerikaanse troepen in Palanquero hebben gedaan op grond van eerdere overeenkomsten valt buiten het bestek van de uitspraak van het Hof en wordt hier niet beschreven.

Colombia tekende medio november 2025 een contract voor 17 Saab Gripens; Infodefensa meldde dat de ondertekeningsceremonie plaatsvond op 14 november, de verjaardag van de luchtmacht. Saab kondigde het contract op 15 november 2025 aan voor 3,1 miljard euro voor 15 eenzits Gripen E en twee tweezits Gripen F, die tussen 2026 en 2032 geleverd zouden worden; Infodefensa meldde een prijs van 1,4 miljard Amerikaanse dollar en beschreef alle 17 toestellen als model E. De cijfers van Saab worden hier gebruikt.

Palanquero wordt hun thuisbasis. Volgens Infodefensa heeft de luchtmacht op 31 december 2025 een contract ter waarde van 100.400.000 Amerikaanse dollar getekend met Consorcio ASA voor een tweelaagse hoofdhangar van 7.800 m² met acht parkeer- en twee reparatieplaatsen, acht bunkerachtige schuilplaatsen, een reactiebunker met vier vliegtuigposities en bemanningsstations, een Gripen-elektronenoorlogslaboratorium, een tactisch trainingscentrum van 1.650 m² met vier simulatoren en 35.410 m² nieuw platform. De werkzaamheden moeten op 30 november 2028 zijn afgerond.