De basis staat op een stuk grond dat ooit Potreros San Vicente heette en eigendom was van de familie Martínez, totdat de overheid het in 1934 kocht voor 280.000 bolívares, aldus de Spaanstalige Wikipedia, die zich baseert op geschiedkundige werken van Caraballo Guzmán, Paredes en anderen. Bijna twintig jaar lang werd er niets op gebouwd. De werkzaamheden begonnen in 1952 met de bouw van de controletoren, tijdens de door olie gefinancierde militaire opbouw onder Pérez Jiménez, toen de FAV (de Zuidelijke Luchtmacht) haar eerste straaljagers kocht van Groot-Brittannië en de Verenigde Staten.

Op 9 december 1955, ter gelegenheid van het 35-jarig bestaan van de luchtmacht, opende generaal Marcos Pérez Jiménez zelf de basis en werd luitenant-kolonel Alberto Delgado Ontivero de eerste commandant. De Spaanstalige Wikipedia vermeldt een naamswijziging door Resolutie A-57 van 2 december 1958, nadat Pérez Jiménez was gesneuveld; de eerdere naam wordt niet vermeld in de geraadpleegde bronnen. Vanaf 1962 werd er een industrieterrein voor zwaar onderhoud aangelegd en in 1964 een theaterkapel.

In de decennia die volgden, huisvestte de basis de kern van de straaljager- en transportvloot van de FAV: F-86 Sabres, Canberra-bommenwerpers, Vampires en Venoms, later Canadair VF-5's en Mirages, samen met C-47D, C-123B, C-130 en G.222 transportvliegtuigen. In 1980 werd de basis geactiveerd als een autonome basis en gemoderniseerd, met een nieuw communicatienetwerk, een elektrisch onderstation en een herbouwde controletoren, net op tijd voor de F-16.

In 1981 kocht Venezuela 24 nieuwe F-16's van General Dynamics, 18 eenzits F-16A's en zes tweezits F-16B's, nadat het de afgezwakte F-16/79 die Washington aanvankelijk had aangeboden, had afgewezen. Grupo Aéreo de Caza 16 werd op 31 augustus 1983 geactiveerd op El Libertador, en de eerste zes vliegtuigen arriveerden op 16 november 1983, aldus Infodefensa. Het ministerie van Defensie spreekt van 60 "pioniers" die het systeem in gebruik namen en noemt de crisis in de Golf van Venezuela in 1987 met Colombia, toen F-16's laag over de korvet Caldas vlogen, nog steeds als de historische inzet van de groep.

De neergang van de straaljagers begon met politieke spelletjes in Washington. Een geplande modernisering halverwege de levensduur in 2005 met Belgische en Israëlische bedrijven viel in duigen onder Amerikaanse druk, en in mei 2006 verbood de VS de wapenhandel met Venezuela, waardoor de aanvoer van reserveonderdelen stopte. De Russische Su-30's, gestationeerd in Barcelona, werden de belangrijkste gevechtsvliegtuigen; het aantal nog vliegwaardige F-16's van El Libertador is nooit bekendgemaakt.

Het ministerie van Defensie eert de eenheid nog steeds. Op 31 augustus 2026 herdacht de nieuwe minister, opperbevelhebber Gustavo González López, de 43e verjaardag van de groep in El Libertador en noemde het een speer gesmeed voor de verdediging van het vaderland. Hun motto is Tutor et Ultor, "beschermer en wreker".

De couppoging van februari 1992 onder leiding van Hugo Chávez was een militaire aangelegenheid. De tweede poging, op 27 november 1992, werd mede geleid door officieren van de luchtmacht, en El Libertador speelde daarin een centrale rol. De Spaanstalige Wikipedia vermeldt dat 's ochtends OV-10 Broncos, bestuurd door rebellenofficieren, vanaf de basis opstegen om doelen in het hele land aan te vallen; de Engelstalige Wikipedia noemt het DISIP-hoofdkwartier in Helicoide, het paleis Miraflores, een politiebureau en de eigen luchtmachtbasis La Carlota als enkele van de doelen die door rebellenvliegtuigen werden gebombardeerd.

Loyalistische F-16-piloten stegen op en vochten terug. De Engelstalige Wikipedia meldt dat een van hen een OV-10 boven Barquisimeto neerhaalde, en de aantallen verloren rebellenvliegtuigen verschillen tussen de Wikipedia-artikelen: in het ene artikel werden twee OV-10's en een Tucano neergeschoten door F-16's en nog twee Broncos door grondvuur, in een ander vier Broncos. Tegen het midden van de middag hadden de rebellen de controle over het luchtruim verloren en vlogen ze in twee C-130's naar Iquitos in Peru. Wikipedia meldt in totaal 172 doden die dag.

De Venezolaanse staat noemt 27 november tegenwoordig een "heldhaftige daad" en de luchtmacht herdenkt de dag jaarlijks; de regering van Carlos Andrés Pérez, waartegen de gebeurtenis gericht was, noemde het een staatsgreep. Beide beschrijvingen zijn hier weergegeven als die van de betreffende partijen.

Veel van het recente nieuws in El Libertador ging over vliegtuigen die na lange tijd aan de grond te hebben gestaan weer in gebruik waren. Op 20 april 2026 meldde Infodefensa dat F-16B met serienummer 9583 na 15 jaar en 10 maanden weer op het vliegveld was verschenen. Het toestel was gerepareerd door technici van de luchtmacht zelf; de bevelvoerende generaal, generaal-majoor Royman Hernández Briceño, was hierbij aanwezig.

Twee maanden later, op 10 juni 2026, meldde Infodefensa dat een Shaanxi Y-8F-200W weer in gebruik was genomen door de onderhoudsdienst van de luchtmacht en het onderhoudseskader van Grupo Aéreo de Transporte 6, in aanwezigheid van de minister van Defensie. Venezuela kocht in maart 2011 acht Y-8's; de eerste twee arriveerden in november 2012 en een simulator werd in maart 2014 in gebruik genomen. Infodefensa meldt dat alle acht toestellen tot de transportgroep op El Libertador behoren; hoeveel er daadwerkelijk vliegen, is niet bekendgemaakt.