Basa begon als een Amerikaans bommenwerperveld. Pacific Wrecks meldt dat het Amerikaanse leger vóór de oorlog vliegveld Floridablanca bouwde voor bommenwerpers; Wikipedia dateert de bouw ervan op midden november 1941 en identificeert het met Del Carmen Field. Die identificatie is echter niet zeker: Pacific Wrecks merkt op dat een kaart uit september 1944, uit de tijd van de Japanse bezetting, een "New Del Carmen Field" toont en dat Floridablanca mogelijk "Del Carmen No. 2" was. Wat de officiële geschiedenis van het Amerikaanse leger wel duidelijk maakt, is dat Del Carmen op 8 december 1941 de thuisbasis was van het 34th Pursuit Squadron en dat het op 10 december en opnieuw op 12 en 13 december werd gebombardeerd, waarna de velden bezaaid lagen met vliegtuigwrakken.

Japanse troepen namen het gebied eind december 1941 in bezit. Volgens Wikipedia was het vliegveld een hulpbasis van Clark, waar in 1944 kamikaze-operaties werden bedacht; Pacific Wrecks vindt weinig bewijs van intensief Japans gebruik en meldt dat er een Ki-44 op het vliegveld werd gevonden toen de Amerikanen in januari 1945 terugkeerden.

De Amerikanen vergrootten het vliegveld vervolgens voor zware bommenwerpers. Tussen 16 april en 13 augustus 1945 vloog de 312th Bomb Group met A-20's en B-32 Dominators vanaf Floridablanca – de enige gevechtseenheid die met de B-32 vloog – en de 348th Fighter Group was hier van 15 mei tot 12 juli 1945 met P-47's en P-51's, aldus Pacific Wrecks. Een A-20G werd op 3 juni 1945 op de grond vernietigd bij een ongeluk tijdens het laden van bommen.

De jonge Filipijnse luchtmacht nam het vliegveld in 1947 over: GlobalSecurity dateert de overdracht op 2 mei en Wikipedia zegt dat de operaties op 22 augustus begonnen. De 6e en 7e jachtvliegtuigeskaders werden op 24 oktober 1947 geactiveerd met door de VS geleverde P-51D Mustangs, die tot begin jaren 50 tegen de Hukbalahap-opstand vochten; het 8e jachtvliegtuigeskader volgde op 1 augustus 1951 en de eenheden vormden in 1952 de 5e jachtvleugel. Op 20 april 1948 werd de basis hernoemd naar César Basa.

De F-86F Sabre en de T-33 arriveerden in 1957, en het 9e Tactische Jachtvliegtuigeskader, opgericht op 14 december 1962, nam zijn Sabres in februari 1963 mee naar Congo voor de Verenigde Naties. De F-5A volgde halverwege de jaren zestig; GlobalSecurity noemt 1965, Wikipedia 1964.

Basa was ook de thuisbasis van de Blue Diamonds. Tweede luitenant José FL Gonzales vormde in 1952-1953 een team van vier Mustang-piloten, dat in 1954 de Blue Diamond en in 1960 de Blue Diamonds werd genoemd. Volgens Wikipedia vlogen ze tot 1959 met vijf P-51D's, tot 1968 met acht F-86F's en tot 2005 met twaalf F-5's. Wikipedia vermeldt ook dat er tussen 1957 en 1962 vier piloten om het leven kwamen. Het team was grotendeels inactief van 1975 tot 1985 tijdens de energiecrisis en heeft niet meer gevlogen sinds de F-5 uit dienst werd genomen.

De grootste aankoop van gevechtsvliegtuigen door de regering-Marcos vond plaats in Basa tussen 1977 en 1978: 25 gereviseerde F-8H Crusaders, voormalige toestellen van de Amerikaanse marine, de krachtigste gevechtsvliegtuigen die de Pakistaanse luchtmacht tot dan toe had gebruikt. Volgens GlobalSecurity werden ze in 1988 definitief aan de grond gezet vanwege de hoge onderhoudskosten.

De F-5A's van Basa vlogen in december 1989 nog steeds. GlobalSecurity meldt dat op 1 december een squadron ervan vanaf Basa opsteeg en de door rebellen bezette luchtmachtbasis Sangley Point beschoot, en op 2 december Camp Aguinaldo aanviel. Wikipedia noemt majoor Danilo Atienza als de loyalistische piloot die bij de operatie om het leven kwam; GlobalSecurity zegt dat zijn vliegtuig is neergestort.

Achttien maanden later barstte de Pinatubo, op minder dan 25 km afstand, uit. Uit een onderzoek van de USGS naar de gevolgen van de uitbarsting voor de luchtvaart blijkt dat 15 tot 20 cm waterverzadigde as gebouwen in Clark en Basa deed instorten, en dat "een squadron van 11 verouderde F-5 straaljagers van de Filipijnse luchtmacht, gestationeerd op de luchtmachtbasis Basa, bedekt raakte met as van de uitbarsting van 15 juni." GlobalSecurity meldt dat ook de aan de grond gehouden F-8's beschadigd raakten en naar Clark werden overgebracht voor opslag en sloop. Clark en Basa werden in 1992 heropend voor beperkte operaties. De F-5 bleef in gebruik tot september 2005, toen het toestel zonder vervanging werd uitgefaseerd.

Tien jaar lang, na 2005, had Basa geen gevechtsvliegtuigen. Dat veranderde met de FA-50PH, de lichte gevechtsversie van de Koreaanse T-50: de eerste twee bereikten de Filipijnen op 28 november 2015, en Wikipedia dateert de aankomst van het type in Basa in 2017, toen de laatste van de twaalf werd geleverd. Ze werden vrijwel direct ingezet in de oorlog. Op 26 januari 2017 bombardeerden FA-50's van het 7e Tactische Jachtvliegtuigeskader militante posities in Butig, Lanao del Sur, de eerste gevechtsmissie van het type, en ze vlogen gedurende het beleg van Marawi van mei tot oktober.

Basa werd in feite weer een Amerikaanse basis. Het was een van de vijf locaties die in maart 2016 onder EDCA werden overeengekomen, en de eerste EDCA-faciliteit in het land, een opslagplaats voor humanitaire hulp en noodhulp, werd hier op 30 januari 2019 geopend. In maart 2023 begon de renovatie van de landingsbaan voor een bedrag van 1,3 miljard Filipijnse peso, wat volgens Wikipedia het grootste EDCA-project tot nu toe is; het werd in november 2023 voltooid en maakt het mogelijk dat de basis grotere en zwaardere vliegtuigen kan ontvangen.

China heeft zich tegen de overeenkomst verzet. De Filipijnse luchtmacht (PAF) heeft Basa sindsdien gebruikt als locatie voor buitenlandse gevechtsvliegtuigen in de Cope Thunder-serie: in april 2024, tijdens Cope Thunder 24-1, gaven PAF- en Amerikaanse piloten op Basa briefings aan burgerluchtverkeersleiders over de FA-50PH en de F-16, aldus de website van de PAF. In juni 2025 bestelde de Filipijnen nog eens 12 FA-50's, de Block 70, die rond 2030 geleverd moeten worden.