Basa começou como um campo de bombardeiros americano. O site Pacific Wrecks afirma que o Exército dos EUA construiu o aeródromo de Floridablanca antes da guerra para bombardeiros; a Wikipédia data sua construção em meados de novembro de 1941 e o identifica com o Campo Del Carmen. Essa identificação não é certa: o Pacific Wrecks observa que um mapa da era japonesa de setembro de 1944 mostra um "Novo Campo Del Carmen" e que Floridablanca pode ter sido o "Del Carmen nº 2". O que a história oficial do Exército dos EUA deixa claro é que Del Carmen abrigava o 34º Esquadrão de Caça em 8 de dezembro de 1941 e que foi bombardeado em 10 de dezembro e novamente em 12 e 13 de dezembro, época em que os campos estavam repletos de aeronaves destruídas.

As forças japonesas tomaram a área no final de dezembro de 1941. A Wikipédia afirma que o campo era auxiliar de Clark, onde as operações kamikaze foram concebidas em 1944; o site Pacific Wrecks encontra poucas evidências de uso intenso pelos japoneses e registra um Ki-44 encontrado no campo quando os americanos retornaram em janeiro de 1945.

Os americanos então ampliaram a base para acomodar bombardeiros pesados. Entre 16 de abril e 13 de agosto de 1945, o 312º Grupo de Bombardeio operou A-20 e B-32 Dominator a partir de Floridablanca — a única unidade de combate a voar com o B-32 — e o 348º Grupo de Caça esteve aqui com P-47 e P-51 de 15 de maio a 12 de julho de 1945, de acordo com o Pacific Wrecks. Um A-20G foi destruído no solo em um acidente durante o carregamento de bombas em 3 de junho de 1945.

A jovem força aérea filipina assumiu o controle da base em 1947: o GlobalSecurity data a transferência para 2 de maio, e a Wikipédia afirma que as operações começaram em 22 de agosto. O 6º e o 7º Esquadrões de Caça foram ativados em 24 de outubro de 1947 com P-51D Mustangs fornecidos pelos EUA, que combateram a insurgência Hukbalahap até o início da década de 1950; o 8º Esquadrão de Caça foi adicionado em 1º de agosto de 1951, e as unidades se tornaram a 5ª Ala de Caça em 1952. Em 20 de abril de 1948, a base foi renomeada em homenagem a César Basa.

O F-86F Sabre e o T-33 chegaram em 1957, e o 9º Esquadrão de Caça Tático, formado em 14 de dezembro de 1962, levou seus Sabres para o Congo para servir às Nações Unidas em fevereiro de 1963. O F-5A chegou em meados da década de 1960; o GlobalSecurity indica 1965, a Wikipédia 1964.

Basa também foi o lar dos Blue Diamonds. O segundo-tenente José FL Gonzales formou uma equipe de quatro pilotos de Mustang em 1952-1953, batizada de Blue Diamond em 1954 e Blue Diamonds em 1960. Eles voaram em cinco P-51Ds até 1959, oito F-86Fs até 1968 e doze F-5s até 2005, de acordo com a Wikipédia, que também registra quatro pilotos mortos entre 1957 e 1962. A equipe ficou praticamente inativa de 1975 a 1985 durante a crise energética e não voa desde a aposentadoria do F-5.

A maior aquisição de caças do governo Marcos ocorreu entre 1977 e 1978: 25 F-8H Crusaders reformados, ex-Marinha dos EUA, os caças mais potentes que a Força Aérea Filipina (PAF) já havia operado. A GlobalSecurity afirma que eles foram permanentemente desativados em 1988 devido aos custos de manutenção.

Os F-5A de Basa ainda estavam voando em dezembro de 1989. O GlobalSecurity relata que, em 1º de dezembro, um esquadrão deles decolou de Basa e metralhou a base aérea de Sangley Point, controlada pelos rebeldes, e atacou o Campo Aguinaldo em 2 de dezembro. A Wikipédia cita o Major Danilo Atienza como o piloto lealista morto na operação; o GlobalSecurity afirma que sua aeronave caiu.

Dezoito meses depois, o Monte Pinatubo, a menos de 25 km de distância, entrou em erupção. O estudo do USGS sobre os efeitos da erupção na aviação registra que 15 a 20 cm de cinzas saturadas de água causaram o colapso de edifícios em Clark e Basa, e que “um esquadrão de 11 jatos F-5 obsoletos da Força Aérea Filipina, estacionados na Base Aérea de Basa, foi coberto por cinzas da erupção de 15 de junho”. A GlobalSecurity afirma que os F-8, que estavam em solo, também foram danificados e transferidos para Clark para armazenamento e desmanche. Clark e Basa reabriram para operações limitadas em 1992. O F-5 continuou em serviço até setembro de 2005, quando foi aposentado sem substituto.

Durante uma década após 2005, Basa não teve caças. Isso mudou com o FA-50PH, a versão de combate leve do T-50 coreano: os dois primeiros chegaram às Filipinas em 28 de novembro de 2015, e a Wikipédia data a chegada do modelo a Basa em 2017, quando o último dos doze foi entregue. Eles entraram em combate quase imediatamente. Em 26 de janeiro de 2017, os FA-50 do 7º Esquadrão de Caça Tático bombardearam posições militantes em Butig, Lanao do Sul, a primeira missão de combate do modelo, e voaram durante todo o cerco de Marawi, de maio a outubro.

Basa também se tornou novamente uma base americana, embora não oficialmente. Foi um dos cinco locais acordados no âmbito do EDCA em março de 2016, e a primeira instalação do EDCA no país, um depósito de assistência humanitária e socorro em desastres, foi inaugurada ali em 30 de janeiro de 2019. Em março de 2023, começaram as obras de reabilitação da pista, orçadas em PHP 1,3 bilhão, que a Wikipédia considera o maior projeto do EDCA até o momento; a obra foi concluída em novembro de 2023 e permite que a base receba aeronaves maiores e mais pesadas.

A China se opôs ao acordo. Desde então, a Força Aérea Filipina (PAF) tem usado a Base Aérea de Basa para receber caças estrangeiros na série de exercícios Cope Thunder: em abril de 2024, durante o Cope Thunder 24-1, aviadores da PAF e dos EUA apresentaram o FA-50PH e o F-16 a controladores de tráfego aéreo civis em Basa, de acordo com o site da PAF. Em junho de 2025, as Filipinas encomendaram mais 12 FA-50, do Bloco 70, com entrega prevista para cerca de 2030.